文件名称：品种图：稍后
文件大小：7.78MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-02 11:36:58
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品种图 变异调用并创建图基因组 用于图谱基因组变异调用和构建的管道。 脚本：bash，Nextflow。 工具类 映射：1. BWA-MEM 2. VGtools 变体调用：1. Delly 2. GATK 3. VGtools 图基因组：1. VGtools Samtools，bcftools和BEDtools用于其他任务。 在运行main.nf之前，请使用fastp.nf使用fastp进行修剪和分析。 您可以并行运行所有可用文件以根据可用内存进行修整。 结构变异分析 结构变化（VCF文件）的分析可以在文件夹SVs_identification中找到。 分析由詹妮·雅各布森（Jenny Jakobsson）完成。
【文件预览】：
breedmaps-main
----run_nf_breedmaps.sh(253B)
----LICENSE(34KB)
----sort_fq.nf(590B)
----GG_pipeline.nf(5KB)
----breedmap_blueprint.sh(2KB)
----main.nf(3KB)
----README.md(762B)
----fastp.nf(509B)
----SVs_identification()
--------results()
--------scripts()