contigconstructor:使用van Emde Boas树构建轻巧高效的DNA重叠群

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文件名称：contigconstructor:使用van Emde Boas树构建轻巧高效的DNA重叠群

文件大小：5.27MB

文件格式：ZIP

更新时间：2024-04-20 02:14:16

Python

Contig构造函数 动机 重叠群是基因组序列。我们想了解周围环境与已知目标序列有关。 方法 依存关系 ContigConstructor是在Python 3.6.8下专门构建的，并使用NumPy 1.17.2。 尽管无法保证，但我们希望ContigConstructor可以在Python 3+上运行。 简易安装 假设已满足依赖关系，则ContigConstructor可以通过以下简单命令使用： cd git clone https://github.com/princeew/contigconstructor cd ./contigconstructor 用法 ContigConstructor的主要脚本是build_contig.py。 可以使用以下规范从命令行执行： build_contig.py [-h] --query_file_path Q

【文件预览】：
contigconstructor-main
----build_contig.py(17KB)
----__init__.py(0B)
----LICENSE(34KB)
----examples()
--------data()
--------.DS_Store(6KB)
----README.md(3KB)
----python()
--------__init__.py(0B)
--------io.py(732B)
--------utils.py(1008B)
--------__pycache__()
--------veb.py(2KB)
--------data.py(5KB)
----contigconstructor()
--------__init__.py(0B)