文件名称：gpu_pssm:基于 GPU 的滑动窗口 PSSM 评分实现
文件大小：49KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-10 07:11:22
Python
GPU PSSM 滑动窗口 这是 Python 中滑动窗口矩阵评分方法的基于 GPU 的实现。 它加快了对大量序列数据的评分，对于宏基因组等更大的数据集很有用。 在此存储库中，您将找到： gpu_pssm.py ：包含主要评分函数score_sequence() 。 有关更多文档和使用示例，请参阅函数定义。 cuda_benchmark.py ：用于帮助标杆代码评估最佳参数与CUDA功能的卡来使用。 score_metagenome.py ：利用 GPU 方法根据结合位点的主题对大型数据集（ ）进行评分。 这些脚本的依赖项是： ：选择它是因为它是 NVIDIA 认可的 CUDA 的 Python 实现。 它有很好的支持，并且正在积极开发中，而且该许可证对学者（任何拥有 .edu 电子邮件地址的人）是免费的，因此可以免费用于研究。 要获得 NumbaPro，首先安装 ，然后按
【文件预览】：
gpu_pssm-master
----cpu_benchmark_pypy.py(3KB)
----readme.md(2KB)
----CUDA_Occupancy_calculator.xls(154KB)
----__init__.py(0B)
----gpu_pssm.py(23KB)
----cpu_benchmark.py(3KB)
----cuda_benchmark.py(5KB)
----.gitignore(74B)
----score_metagenome.py(5KB)