文件名称：matlabsir模型代码-pMCMC-SIR:SIR流行病学模型的粒子MCMC算法的R版代码
文件大小：70KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-22 09:18:55
系统开源
matlab sir 模型代码pMCMC-SIR 这是 Rasmussen, DA, Ratmann, O., & Koelle, K. (2011) 中使用的粒子 MCMC 代码的 R 版本。 . PLoS 计算生物学，7(8)，e1002136。 原始代码是用 MATLAB 编写的，可从 . 我将原始 MATLAB 代码翻译成 R 并保留原始代码和模拟数据的文件结构。 要使用模拟数据运行 SIR 流行病学模型的粒子 MCMC 算法，请在 R 终端中键入以下命令 source( ' main_Inference.R ' )
【文件预览】：
pMCMC-SIR-master
----.gitignore(173B)
----run_SMC.R(1KB)
----get_sample_traj.R(675B)
----fast_resample.R(515B)
----pdTreeMatrix.R(2KB)
----run_MCMC.R(3KB)
----main_Inference.R(4KB)
----SIR_endemic_sim3_mockData.RData(7KB)
----README.md(721B)
----SIR_endemic_sim3_MCMCout.RData(58KB)
----get_traces.R(272B)
----SIR_covmat_041111.RData(301B)
----get_G_events.R(2KB)
----SIR_endemic_sim3_coalTimes.RData(2KB)
----function_f_SIR.R(2KB)
----get_Likelihoods.R(3KB)