文件名称：Differential-Mutation-Analysis:差异变异分析
文件大小：5.49MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-06 11:52:48
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差异变异分析 差异突变分析是一个框架，可通过比较癌症基因组中基因的突变图谱与健康个体中其自然种系变异图谱来发现癌症基因。 如果您想尝试一下，请访问 。 如果您使用我们的方法，请引用Pawel Przytycki和Mona Singh。 “体细胞突变与种系变异谱之间的差异分析揭示了与癌症相关的基因。” Genome Medicine （2017）可。 这是我们评估差异突变基因的方法的代码。 上图中概述的我们的方法完全基于体细胞突变和种系变异，没有任何其他参数。 简而言之，对于感兴趣的癌症类型，我们首先为每个个体计算在每个基因的外显子中发现的突变数。 同样，我们使用1000个基因组测序数据为每个个体计算每个基因中出现了多少个变体。 我们将变体定义为与健康人群中最常见的氨基酸不同的任何氨基酸。 然后，对于每个个体，我们对基因之间的突变或变异计数进行归一化排序，以便为每个基因分配0到1之间的一个
【文件预览】：
Differential-Mutation-Analysis-master
----Method Overview.png(39KB)
----parseMaf.R(2KB)
----README.md(4KB)
----Data()
--------protNames.txt(126KB)
--------natDistBinned.txt(7.65MB)
--------BRCA_sample.maf(36.78MB)
----DifferentialMutationAnalysis.R(5KB)