文件名称：nessie:NeSSie库和用于分析核酸序列对称性元素的工具
文件大小：228KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-30 13:29:02
C++
NeSSie ：序列对称性鉴定的核酸元素 NeSSie是ac / c ++ 64位程序，允许使用NeSSie库对DNA字符串执行快速模式搜索和序列分析。 该工具当前提供以下类型的分析： 从头搜索具有镜像或回文对称性的主题，以及具有DNA三链体形成潜能的主题。 可以检测到完美和简并的基序（包含缺口和错配的基序）。 穷举搜索序列中的所有k-mers。 计算整个序列的序列复杂度和熵，或使用给定大小和位移的滑动窗口。 在提供的列表中精确搜索图案。 联络人 Michele ， 出版物： Michele Berselli，Enrico Lavezzo，Stefano Toppo； NeSSie：用于鉴定近似DNA序列对称性的工具，生物信息学，bty142， //doi.org/10.1093/bioinformatics/bty142 从源安装 NeSSie文件夹中提供一个make文
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nessie-master
----README.md(19KB)
----to_tabformat.py(7KB)
----LICESE_gpl3.txt(34KB)
----to_wig.py(3KB)
----NessieOutParser.py(16KB)
----makefile(2KB)
----AUTHORS.txt(466B)
----src()
--------main.cpp(39KB)
--------Nessie.h(18KB)
--------FastaUtilities.h(3KB)
--------LinkedlistKmer.cpp(11KB)
--------Nessie.cpp(168KB)
--------HashTable.h(3KB)
--------HashTable.cpp(7KB)
--------LinkedlistKmer.h(5KB)
--------BitArray()
--------FastaUtilities.cpp(5KB)
--------bitscan()
--------Functions.h(8KB)
----readme.pdf(91KB)