文件名称：Pathogen-Genomics:病原体基因组学研究脚本
文件大小：2KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-15 18:11:52
Java
病原基因组学 在此存储库中，是我写的用于病原体基因组研究的脚本。 Spopredopt.java SpoPred参数优化的方法。 SpoPred是由Coll F等人开发的用于结核分枝杆菌的计算机电子分型的软件。 Coll F，Mallard K，Preston MD等。 SpolPred：从短基因组序列快速准确地预测结核分枝杆菌的子类型生物信息学，2012，28（22）：2991-2993。 SpoPred的一个缺点是用于读取不同长度的参数的选择。 如果读取长度设置得太短，则指定读取长度之后的信息将丢失。 但是，如果将读取长度设置得太长，则短读取中的信息将丢失。 该脚本有助于获取保留最多碱基数的读取长度。 它将输出给出保留最多碱基数的前五个读取长度。 请注意，使用此脚本处理所有读取以进行参数优化可能很耗时。 建议采用前100000个读段来估计最佳读段长度，由于测序过程中读段长度分布具
【文件预览】：
Pathogen-Genomics-master
----README.md(1KB)
----Spopredopt.java(4KB)