文件名称：Comparative_Genomics:Micro 612基因组学研讨会
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更新时间：2024-05-06 15:51:41
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微生物比较基因组学研讨会-2020年 由主持的为期3天的微生物生物信息学研讨会。 本模块介绍了使用基因组学文献中通常引用的公共可用工具进行微生物基因组分析的基础知识。 学生将学习处理，注释和比较微生物基因组所需的步骤和相关工具。 日期：2021年4月21-23日 先决条件 事先参加 作坊 变体调用 在Artemis中可视化BAM / VCF文件 练习：VRE中的达托霉素抗药性 锻炼：不动杆菌中的共利斯汀抗性 第2天早上 基因组大会 组装评估 比较装配与参考基因组和装配后基因组的改进 基因组注释 第二天下午 高通量BLAST和全基因组分析 使用BLAST确定哪些基因组包含KPC基因 直接从配对末端读数中使用ARIBA鉴定抗生素抗性基因 使用Roary进行全基因组分析 第三天早上 使用Mauve进行全基因组比对 在猿中进行DNA序列比较和系统发育分析 进行SNP密度分析以识别重组的证据 用古