文件名称:Genome Downloader:根据搜索词从 NCBI 下载基因组数据。-开源
文件大小:7KB
文件格式:GZ
更新时间:2024-07-19 00:13:19
开源软件
GenomeDownloader 是一个命令行 Perl 程序,用于从 NCBI 下载基因组数据(使用 wget)。 最近(2017-10)已完全重写,以与 NCBI 的“新”数据组织结构一起使用。 也可以选择组装完成水平(即 Contig、Scaffold、Chromosome 或 Complete Genome)作为下载数据的标准。 基因组数据可以从属于某个分类群(例如哺乳动物或 40674)的所有生物体中下载,并且下载可以限于某些类型的文件(例如,faa 或 faa、gbff 等)。 搜索词也可用于进一步限制结果。 该程序在 Linux 上运行,但也可以在 Mac OS 上运行(可能需要做一些修改,并且满足相关性)。
【文件预览】:
genome_downloader.pl
README.txt
mapping_hasher