restez:在 R 中创建和查询 GenBank 的本地副本

时间:2021-05-29 01:23:42
【文件属性】:
文件名称:restez:在 R 中创建和查询 GenBank 的本地副本
文件大小:2.47MB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-05-29 01:23:42
r dna genbank rstats entrez 本地查询GenBank 注意:由于密钥依赖的存档, restez在 CRAN 上不再可用。 它仍然可以通过GitHub安装。 这个问题正在处理中,希望有一个新版本的restez即将在CRAN上可用。 将下载到本地文件夹,并创建一个简单的类似SQL的数据库。 使用“获取”工具按登录ID查询数据库。 包装器是可用的,因此,如果序列在本地不可用,则可以通过在线搜索它们。 有关更多信息,请参阅。 介绍 Vous entrez,vous rentrez等,维护者,vous…。 Restez! 通常通过NCBI API Entrez从GenBank和相关NCBI分类数据库下载序列和序列信息。 但是,Entrez对请求的数量有限制,以这种方式下载大量序列数据可能效率很低。 对于进行多次Entrez调用的程序化情况,下载可能需要几天,几周甚至几个月的时间。 该软件包旨在通过允许用户将GenBan

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