PANDA:在网络之间传递属性以进行数据同化-开源

【文件属性】：
文件名称：PANDA:在网络之间传递属性以进行数据同化-开源
文件大小：62.27MB
文件格式：TGZ
更新时间：2021-06-29 06:10:55
开源软件 PANDA (Passing Attributes between Networks for Data Assimilation)，是一种用于基因调控网络重建的消息传递模型。 PANDA 整合了多种生物数据来源，包括蛋白质-蛋白质相互作用、基因表达和序列基序信息，以重建全基因组、特定条件的调控网络。 PANDA 还提供其他编程语言，包括： MATLAB/Octave：(1) https://drive.google.com/a/channing.harvard.edu/file/d/0BwVdzX3nIj6RamtmNVdKYVk1N2c/view?usp=sharing (2) https://github.com/QuackenbushLab/matlab-panda Python：（1）https://github.com/davidvi/pypanda（2）https://github.com/QuackenbushLab/pypanda Bioconductor/R：http:// /www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/

【文件预览】：
Version2
----OvarianCancerData()
--------OV_PPI.txt(4KB)
--------OV_Non-angiogenicMethylation.txt(27.02MB)
--------OVCancerNetworks_AllTFxGene.pairs(52.27MB)
--------OV_Motif.txt(4.53MB)
--------OV_AngiogenicMethylation.txt(15.8MB)
--------OV_Non-angiogenicExpression.txt(34.47MB)
--------OV_AngiogenicExpression.txt(20.16MB)
----ToyData()
--------ToyExpressionData.txt(466KB)
--------ToyExpressionDataLabels.txt(466KB)
--------ToyWeights.txt(100B)
--------ToyPPIData.txt(3KB)
--------ToyMotifData.txt(303KB)
----AnalyzePANDA_v0()
--------AnalyzePANDA_v0.c(14KB)
--------README.txt(2KB)
----YeastData()
--------YeastData_SRExpression.txt(3.96MB)
--------YeastNetworks_AllTFxGene.pairs(5.97MB)
--------YeastData_ChIP.txt(3.36MB)
--------YeastData_Motif.txt(867KB)
--------YeastData_KOExpression.txt(2.47MB)
--------YeastData_CCExpression.txt(1.18MB)
--------YeastData_PPI.txt(23KB)
----README.txt(8KB)
----PANDA_v2.c(38KB)
----DataInPANDA.png(76KB)