文件名称：MATLAB数据字典生成代码-FRET-data-assimilation:使用变异数据同化来拟合细菌FRET信号数据
文件大小：2MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 06:23:32
系统开源
MATLAB数据字典生成代码FRET数据同化 利用变退火参数和从单细胞FRET数据动态模型的状态隐藏估计（Ye等人，物理评论Ë92，052901，2015年），非线性数据同化的用于精确定位高度非凸成本中全局最小值的技术职能。 成本函数的有效数值优化需要它们的一阶（也可能是二阶）导数。 在实践中，对这些导数进行编码对于复杂的动力学模型可能是禁止的。 此代码利用的基于NumPy的实现，因此无需手动编码这些派生代码。 入门 先决条件 FRET数据同化本身是独立的。 要运行脚本，必须在计算机上安装以下脚本： Python 2（在2.7.13版上测试） SciPy（在版本0.17.0上测试） NumPy（在1.10.4版上测试） ，这是利用自动微分的变分退火的Python实现 ，自动区分的Python实现 要安装项目4和5，请按照VarAnneal存储库自述文件中的说明进行操作。 用法 定义本地数据目录 在进行任何估算之前，必须定义数据目录。 src / local_methods.py中定义了将存储输入和输出数据的目录。 现有存储库中有一个src / local_methods_sample.
【文件预览】：
FRET-data-assimilation-master
----.FRET.png(23KB)
----example_data_dir()
--------specs()
--------recordings()
----.stim.png(11KB)
----src()
--------load_specs.py(3KB)
--------plot_formats.py(3KB)
--------models.py(12KB)
--------utils.py(3KB)
--------single_cell_FRET.py(13KB)
--------local_methods_sample.py(496B)
--------load_data.py(2KB)
--------save_data.py(4KB)
----.gitignore(269B)
----.m.png(17KB)
----README.md(17KB)
----scripts()
--------est_VA.py(2KB)
--------quick_plots_stim_and_meas.py(1KB)
--------gen_pred_data.py(2KB)
--------gen_py_data_from_mat.py(978B)
--------gen_twin_data.py(1KB)
--------plot_opt_pred.py(3KB)
----.editorconfig(298B)