文件名称：LightStringGraph:轻量级字符串图构建
文件大小：624KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-25 02:24:31
C++
灯串图 轻量级字符串图构建 该软件处于开发的初始阶段。 如有任何问题，请联系或使用报告错误。 构建和运行 LightStringGraph 该软件由三种不同的工具组成： lsg （光（字符串）重叠图）、 redbuild （字符串图构建）和graph2asqg （ graph2asqg原生图形格式）。 要构建所有工具，只需在项目的根目录中移动并运行make all 。 如果您想在某些（模拟或真实）读取上试用该软件，请按照以下步骤操作： 给定一个文件FASTA a.fa含有n读取产生另一个FASTA文件b.fa含有2n读取第一位置之间读取1和n是相同的那些a.fa和位置之间读n+1和2n是其反向补体和（对于1 <= i <= n ，在n+i位置读取应该是在位置i读取的反向补码） 下载并编译 （请注意，这不是原始存储库） 编译 LightStringGraph cd <LSGPAT
【文件预览】：
LightStringGraph-master
----.gitignore(199B)
----Makefile(3KB)
----src()
--------BWTReader.h(3KB)
--------EndPosManager.h(3KB)
--------MultiFileIterator.h(4KB)
--------MultiFileManager.h(3KB)
--------MultiIntervalManager.h(3KB)
--------edgeLabelIntervalManager.h(3KB)
--------sgbuild()
--------util_log.h(4KB)
--------q_interval.h(2KB)
--------interval_manager.h(11KB)
--------util.cpp(4KB)
--------types.h(3KB)
--------GSAIterator.h(1KB)
--------extend_symbol_pile.cpp(3KB)
--------BWTIterator.h(1KB)
--------log.h(5KB)
--------file_abstractions.h(7KB)
--------util.h(3KB)
--------arcInterval.h(2KB)
--------SingleFileIterator.h(4KB)
--------lsg()
--------extend_symbol_pile.h(2KB)
--------search.h(3KB)
--------LCPIterator.h(1KB)
--------edgeLabelInterval.h(2KB)
--------kseq.h(9KB)
--------edgeLabelIntervalManager.cpp(3KB)
--------search.cpp(19KB)
----.gitmodules(100B)
----COPYING(32KB)
----README.md(2KB)
----thirdparty()
--------.gitignore(12B)
--------THIRDPARTY(718B)
--------zlib-1.2.8.tar.gz(558KB)
--------BEETL()