文件名称：harmonyos2-bindSC:单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、空间转录组学和CyTOF数据的双向集成（计算机多组学数据）
文件大小：39.57MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-21 09:22:56
系统开源
和声2 bindSC（B i次IN的tegration多组学d ATA选自S英格尔有丝测序技术）是R包单细胞的多组学整合分析，开发和在MDACC维持。 bindSC的开发是为了解决单细胞多组学数据集成的挑战，该数据集成由未配对的细胞组成，这些细胞具有跨模态的无与伦比的特征测量。 除非匹配特征经验，否则以前的方法（例如 、 、 ）在这种情况下不起作用。 例如，scRNA-seq 和scATAC-seq 数据的整合需要通过计算基因体中的峰值来计算基因/启动子活性，这总是会丢失信息。 该策略也不适用于整合 scRNA-seq 和 cytof 数据，因为由于 scRNA-seq 数据的稀疏性或翻译后修饰，基因压力和蛋白质丰度水平并不总是相关。 bindSC包中实现的核心算法是BiCCA （ Bi - order C anonical C orrelation A分析），它利用转换矩阵Z （ L 个样本的M 个特征）将观察到的X （ K 个细胞的M 个特征）与Y （ N 个特征）连接起来通过L细胞）。 从先验知识初始化，通过同时最大化对 ( X , Z ) 的相关性和对 ( Y , Z ) 的相