文件名称：SPEAR:用于多组学分析的稀疏监督贝叶斯因子模型
文件大小：37.75MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-05 18:50:29
supervised-machine-learning multi-omics factor-model R
SPEAR-用于多组分析的稀疏监督贝叶斯因子模型 包装要求 以下软件包是安装SPEAR和小插图所必需的。 SPEAR的将来版本将自动安装这些。 所有这些都可以通过install.packages函数安装。 SPEAR安装： Rcpp ， RcppArmadillo ， BH ， glmnet ， parallel 小插图： jsonlite ， dplyr ， reshape2 ， stringr ， ggplot2 ， cowplot ， ggthemes ， maps 安装 要在R中安装： remotes::install_github("jgygi/SPEAR@main", build_vignettes = TRUE) 注意：这也将安装下面介绍的小插图。 小插图 安装后，请使用以下代码查看所有小插图： browseVignettes("SPEARcomplete") 如
【文件预览】：
SPEAR-main
----man()
--------SPEAR.plot_factor_grid.Rd(1KB)
--------SPEAR.get_ordinal_misclassification.Rd(1019B)
--------SPEAR.plot_factor_contributions.Rd(1013B)
--------SPEAR.plot_ordinal_class_probabilities.Rd(1021B)
--------SPEAR.plot_factor_coefficients.Rd(1KB)
--------cv.evaluation.Rd(887B)
--------cv.spear.Rd(2KB)
--------SPEAR.plot_factor_loadings.Rd(1KB)
--------SPEAR.get_factor_features.Rd(838B)
--------SPEAR.get_predictions.Rd(1KB)
--------run_cv_spear.Rd(2KB)
--------SPEAR.plot_feature_overlap.Rd(1KB)
--------SPEAR.get_best_weights.Rd(1KB)
--------SPEAR.plot_cv_prediction_errors.Rd(932B)
--------SPEAR.get_factor_contributions.Rd(773B)
--------preparation.Rd(815B)
--------SPEAR.get_cv_loss.Rd(797B)
--------SPEAR.plot_ordinal_class_predictions.Rd(1KB)
--------SPEAR.get_factor_scores.Rd(1KB)
--------SPEAR.plot_cv_predictions.Rd(822B)
--------spear.Rd(2KB)
--------SPEAR.plot_factor_scores.Rd(1KB)
----.gitignore(19B)
----README.md(1KB)
----vignettes()
--------.gitignore(11B)
--------SPEAR_3_downstream_vignette.Rmd(14KB)
--------vignette_weightexplanation.png(100KB)
--------SPEAR_3_downstream_vignette_files()
--------vignette_spearoverview.png(56KB)
--------SPEAR_1_simulate_data.Rmd(6KB)
--------vignette_speargaussianrunning.png(153KB)
--------SPEAR_4_SPEARkit_walkthrough.Rmd(1KB)
--------simulated_gaussian_data.rds(25.9MB)
--------vignette_xysetup.png(74KB)
--------SPEAR_vignette_object.rds(5.3MB)
--------SPEAR_2_running_spear.Rmd(6KB)
----DESCRIPTION(519B)
----R()
--------helpers.R(30KB)
--------RcppExports.R(1KB)
--------SPEARkit.R(60KB)
--------spear.R(15KB)
----src()
--------_spear.o(4.09MB)
--------SPEARcomplete.so(1.52MB)
--------RcppExports.cpp(7KB)
--------_spear.cpp(42KB)
--------.Rhistory(10KB)
--------RcppExports.o(1.01MB)
----.RData(3.53MB)
----NAMESPACE(815B)