文件名称：QG模型的matlab代码-bmagwa:全基因组关联分析中的贝叶斯变量选择和模型平均
文件大小：1.92MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-14 16:35:00
系统开源
QG模型的matlab代码BMAGWA软件v2.0自述文件 介绍 该软件实现了一种方法，该方法使用贝叶斯变量选择和模型平均来计算全基因组关联研究中SNP（及其他数量）的后关联概率（Peltola等，2012）。 参考： Peltola T，Marttinen P，Vehtari A（2012）在Metropolis-Hastings算法中的有限适应和多步移动，用于基因组-全关联分析中的变量选择。 PLoS One 7（11）：e49445。 Peltola T，Marttinen P，Jula A，Salomaa V，Perola M，Vehtari A（2012）贝叶斯变量选择在全基因组数据中寻找加性和显性效应。 公共科学学报7（1）：e29115。 可用性 源代码可从该软件的或从其获得。 参见下面的编译。 目前没有现成的二进制可执行文件，但是如果您需要一个二进制可执行文件，请给我发送电子邮件。 该软件已在64位Linux上开发（并测试）。 从源编译 要求：C，C ++和Fortran编译器（使用）以及BLAS，LAPACK（例如或）和库。 编译：使用提供的makefile（即，在源
【文件预览】：
bmagwa-master
----bmagwa_postprocess.py(6KB)
----src()
--------inih()
--------options.hpp(19KB)
--------symmmatrix.cpp(7KB)
--------dchex.f(7KB)
--------matrix.hpp(7KB)
--------rand.hpp(6KB)
--------linalg.hpp(992B)
--------model.cpp(806B)
--------precomputed_snp_covariances.hpp(5KB)
--------symmmatrix.hpp(8KB)
--------utils.cpp(4KB)
--------matrix.cpp(3KB)
--------data.hpp(5KB)
--------sampler.cpp(35KB)
--------sampler.hpp(63KB)
--------tests()
--------model.hpp(26KB)
--------genotype_tables.hpp(23KB)
--------samplerstats.hpp(4KB)
--------discrete_distribution.hpp(9KB)
--------data.cpp(11KB)
--------main.cpp(4KB)
--------prior.hpp(10KB)
--------vector.cpp(5KB)
--------data_model.hpp(5KB)
--------vector.hpp(7KB)
--------utils.hpp(2KB)
--------data_model.cpp(5KB)
--------prior.cpp(4KB)
----testdata()
--------testdata.ini(4KB)
--------results()
--------testdata.bim(222KB)
--------plinksimu.sh(88B)
--------testdata.e(43KB)
--------testdata.simfreq(330KB)
--------testdata.fam(28KB)
--------testdata.bed(2.38MB)
--------testdata.log(2KB)
--------testdata.y(22KB)
--------testdata.sim(57B)
----README.markdown(14KB)
----makefile(981B)
----licenses()
--------gpl-3.0.txt(34KB)
--------inih_README.txt(183B)
--------inih_LICENSE.txt(2KB)