文件名称：vdj:用于处理免疫受体序列数据的python包
文件大小：115KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-25 14:42:01
Python
视频 用于分析免疫受体序列（抗体和 T 细胞受体）的工具 特征 安装 依赖项： numpy scipy matplotlib （用于图形生成） 要安装，首先更新params.py的必要路径。 然后， python setup.py install cp vdjconfig ~ /.vdjconfig 如果需要，手动将bin/目录添加到PATH 。 快速开始
【文件预览】：
vdj-master
----vdjconfig(195B)
----.gitignore(71B)
----README.md(409B)
----bin()
--------filter_VJ.py(1KB)
--------pipeline.jobfile.template(961B)
--------tag_chains.py(1KB)
--------sample_imgt_with_replacement.py(2KB)
--------imgt2fasta.py(1KB)
--------isotype_id.py(1KB)
--------summarize_vdj_full_pipeline_LSF.py(6KB)
--------imgt2fullchain.py(1KB)
--------imgt2junction_abund.py(1KB)
--------size_select.py(1KB)
--------fasta2imgt.py(1KB)
--------cluster_cdr3.py(3KB)
--------coding_strand.py(1KB)
--------insert_chains_into_lymph.py(2KB)
--------translate_chains.py(1KB)
--------align_vdj_LSF.py(3KB)
--------learn_germline.py(3KB)
--------imgt2timeseries.py(2KB)
--------imgt2junctions.py(1KB)
--------explode_imgt.py(1KB)
--------barcode_id.py(1KB)
--------README.txt(1KB)
--------partition_VJ.py(1KB)
--------align_vdj.py(1KB)
--------vdj_full_pipeline_LSF.py(6KB)
--------imgt2parts.py(1KB)
--------imgt2circleplot.py(3KB)
--------sample_imgt_without_replacement.py(2KB)
--------get_vquest_references.py(1009B)
--------imgt2counthist.py(3KB)
--------split_on_feature.py(2KB)
----alignmentcore.c(6KB)
----alignment.py(27KB)
----TODO(177B)
----clustering.py(2KB)
----clusteringcore.c(3KB)
----__init__.py(16KB)
----LICENSE.txt(11KB)
----setup.py(1KB)
----params.py(2KB)
----data()
--------README.md(4KB)
--------IGHD.fasta(5KB)
--------TRAV.fasta(42KB)
--------TRGV.fasta(7KB)
--------IGHV.fasta(131KB)
--------TRAJ.fasta(10KB)
--------TRDJ.fasta(528B)
--------TRBV.fasta(58KB)
--------TRDV.fasta(2KB)
--------IGKV.fasta(41KB)
--------IGLJ.fasta(1KB)
--------TRBJ.fasta(2KB)
--------IGKJ.fasta(1KB)
--------TRDD.fasta(260B)
--------IGHJ.fasta(2KB)
--------TRGJ.fasta(825B)
--------TRBD.fasta(282B)
--------IGLV.fasta(36KB)
----mongo.py(3KB)
----analysis.py(33KB)
----pipeline.py(6KB)
----refseq.py(16KB)