文件名称：spp:SPP-R软件包，用于分析ChIP-seq和其他功能测序数据
文件大小：116KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-27 19:47:57
C++
ChIP-seq处理管道 用于分析ChIP-seq和其他功能测序数据的软件包。 有关详细信息，请参见。 要求 安装了R（> = 3.3.0）的Unix风格的OS。 安装 由于版本1.15.4 spp在上可用，因此可以使用以下命令进行安装 install.packages("spp", dependencies=TRUE) 另外，您可以使用modtools安装spp： require(devtools) devtools::install_github('hms-dbmi/spp', build_vignettes = FALSE) 或者 下载包含的.tar.gz，并使用标准的R安装命令，例如： R CMD INSTALL spp_1.13.tar.gz 注意：自版本1.15.4起，Boost标头已合并并链接在一起，从而利用来避免由于非标准Boost库安装而引起的问题。
【文件预览】：
spp-master
----man()
--------densum.Rd(3KB)
--------points.within.Rd(2KB)
--------read.bowtie.tags.Rd(832B)
--------remove.local.tag.anomalies.Rd(2KB)
--------read.bam.tags.Rd(859B)
--------read.meland.tags.Rd(1KB)
--------output.binding.results.Rd(1KB)
--------get.binding.characteristics.Rd(3KB)
--------read.eland.tags.Rd(1KB)
--------get.smoothed.enrichment.mle2.Rd(4KB)
--------read.tagalign.tags.Rd(2KB)
--------read.bin.maqmap.tags.Rd(842B)
--------read.arachne.tags.Rd(1KB)
--------get.smoothed.tag.density.Rd(3KB)
--------get.conservative.fold.enrichment.profile.Rd(4KB)
--------read.short.arachne.tags.Rd(1KB)
--------write.narrowpeak.binding.Rd(1KB)
--------get.broad.enrichment.clusters.Rd(2KB)
--------spp-package.Rd(7KB)
--------find.binding.positions.Rd(7KB)
--------get.mser.interpolation.Rd(3KB)
--------select.informative.tags.Rd(1KB)
--------read.maqmap.tags.Rd(866B)
--------read.helicos.tags.Rd(2KB)
--------write.broadpeak.info.Rd(568B)
--------writewig.Rd(1KB)
--------get.conservative.fold.enrichment.profile2.Rd(4KB)
--------get.smoothed.enrichment.mle.Rd(2KB)
--------points_withinFunction.Rd(2KB)
--------get.mser.Rd(2KB)
--------add.broad.peak.regions.Rd(1KB)
----README.md(1KB)
----DESCRIPTION(530B)
----configure(109KB)
----R()
--------zroutines.R(99KB)
----src()
--------bed2vector.cpp(67KB)
--------peaks.cpp(19KB)
--------spp_init.c(3KB)
--------wdl.cpp(15KB)
--------api_global.h(774B)
--------maqread.cpp(5KB)
--------pc.h(107B)
--------maqmap.c(4KB)
--------const.h(412B)
--------maqmap.h(2KB)
--------Makevars.in(152B)
--------cdensum.c(5KB)
----configure.ac(1KB)
----NAMESPACE(2KB)