文件名称：seq-format-conversion:在序列数据格式之间转换的工作流程
文件大小：11KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-18 14:08:02
wdl
序列格式转换 在序列数据格式之间转换的工作流程 补习班： 此脚本应将 CRAM 转换为 SAM 到 BAM，并输出 BAM、BAM 索引和验证报告。 之所以选择这种方法，而不是直接使用 Samtools 将 CRAM 转换为 BAM，是因为由于软件包中包含旧版本的 htslib，Samtools 1.3 会生成不正确的 bin。 Samtools 1.4 和 1.5 版有一个 NM 问题，导致它们无法使用 Picard 进行验证。 要求/期望 临时文件 输出 Bam 文件和索引 验证报告 配对-fastq-to-unmapped-bam ： 此 WDL 将成对的 FASTQ 转换为 uBAM 并添加读取组信息 要求/期望 FASTQ 格式的双端测序数据（每个方向一个文件） 每个样本的以下元数据描述符： 阅读组 样品名称 图书馆名称 平台单元 运行日期 平台名称 sequecing_
【文件预览】：
seq-format-conversion-master
----interleaved-fastq-to-paired-fastq.wdl(1KB)
----interleaved-fastq-to-paired-fastq.inputs.json(133B)
----bam-to-unmapped-bams.inputs.json(98B)
----LICENSE(1KB)
----generic.google-papi.options.json(134B)
----bam-to-unmapped-bams.wdl(3KB)
----cram-to-bam.inputs.json(484B)
----README.md(4KB)
----paired-fastq-to-unmapped-bam.wdl(4KB)
----paired-fastq-to-unmapped-bam.inputs.json(832B)
----cram-to-bam.wdl(5KB)