文件名称：EToKi：与Enterobase相关的所有方法
文件大小：12.64MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-11 00:40:39
assembly mlst spades genotype phylogeny
EToKi（Enterobase工具套件） 所有与Enterobase数据分析管道有关的方法。 安装： EToKi是在Python 2.7和Python 3.5中开发和测试的。 EToKi依赖于几个Python库： ete3 numba numpy pandas sklearn 可以使用pip安装所有库： pip install ete3 numba numpy pandas sklearn EToKi还针对不同的管道调用以下第三方程序： raxml fasttree rapidnj bbmap mmseqs ncbi-blast usearch spades megahit samtools pilon gatk bwa bowtie2 minimap2 kraken2 & minikraken2 lastal & lastdb pilercr trf 可以使用configur
【文件预览】：
EToKi-master
----externals()
--------pilercr(2.14MB)
--------kraken2(26B)
--------minimap2(916KB)
--------SimBac(110KB)
--------samtools(22B)
--------trf409.linux64(113KB)
--------makeblastdb(33B)
--------usearch(53B)
--------rapidnj(2.92MB)
--------bowtie2-build(42B)
--------lastal(20B)
--------raxmlHPC-PTHREADS-SSE3(1.23MB)
--------repair.sh(15B)
--------gatk-package-4.1.0.0-local.jar(43B)
--------flye(17B)
--------megahit(47B)
--------FastTreeMP-DB(374KB)
--------bbduk.sh(14B)
--------blastn(28B)
--------raxmlHPC(22B)
--------lastdb(20B)
--------bbmerge.sh(16B)
--------mmseqs(18B)
--------bowtie2(36B)
--------spades.py(33B)
--------bwa(1.39MB)
----modules()
--------MGplacer.py(12B)
--------MLSType.py(35KB)
--------configure.py(26KB)
--------ortho.py(86KB)
--------RecFilter.py(8KB)
--------ongoing()
--------MGplacer4.py(20KB)
--------EBEis.Escherichia.fas(992KB)
--------MGplacer3.py(21KB)
--------prepare.py(16KB)
--------_EnFlt.py(1KB)
--------assemble.py(46KB)
--------MLSTdb.py(10KB)
--------EBEis.py(5KB)
--------isCRISPOL.py(7KB)
--------clust.py(5KB)
--------__init__.py(0B)
--------align.py(49KB)
--------configure.ini(2KB)
--------RecHMM.py(45KB)
--------uberBlast.py(30KB)
--------CRISPOL.db(10KB)
--------cgMLST.py(6KB)
--------phylo.py(31KB)
--------completeCC.py(8KB)
--------MGplacer_parser.py(1KB)
----requirement.txt(51B)
----.idea()
--------vcs.xml(180B)
----examples()
--------GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.gz(1.32MB)
--------GCF_000010485.1_ASM1048v1_genomic.fna.gz(1.42MB)
--------GCF_001566635.1_ASM156663v1_genomic.fna.gz(1.53MB)
--------Escherichia.Achtman.alleles.fasta(2.63MB)
--------GCF_000214765.2_ASM21476v3_genomic.fna.gz(1.54MB)
--------S_R2.fastq.gz(1.54MB)
--------S_R1.fastq.gz(1.13MB)
----LICENSE(34KB)
----README.md(30KB)
----.gitignore(37B)
----example.bash(3KB)
----EToKi.py(2KB)