pangea:PANGEA-HIV 分析

【文件属性】：
文件名称：pangea:PANGEA-HIV 分析
文件大小：1.44GB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-07-10 09:20:34
Perl 盘古 这是 PANGEA-HIV 系统动力学方法比较练习的分析资料库。 数据集和说明可以在找到。 这个存储库的目的是生成树、进化率等，以便在（仅仅！）完成第一组分析的月份内解决更多有趣的事情。 序列：原始和处理过的序列文件 raxmltrees：由 RAxML 生成的 ML 树 lsd：LSD 生成的类时钟树，基于 RAxML 树 mrbayestrees：MrBayes 的输入文件和相应的输出 phymltrees：PhyML 的输入文件（假设 GTR+freerates(20)） 混合模型：Bethany 混合流行病模型的 BEAST XML 文件 phytime：phytime 的输入文件，使用以 ape 的 rtt 为根的 RAxML 拓扑 skyride：基于 LSD 树的 skyrides 特点：M/F的M2模型拟合 treeshape：LSD 树的 Sackin 索引和