文件名称：NetSim:基于生死杂交的系统进化网络模拟器
文件大小：75KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-05 20:42:46
R
网络模拟 NetSim的目标是以基于过程的方式生成系统发育网络。 NetSim考虑模拟网络的出生-死亡-混合过程。 我们认为允许杂交是沿袭产生，沿袭退化和沿袭中性。 安装 您可以使用以下命令从安装开发版本： # install.packages("devtools") devtools :: install_github( " jjustison/NetSim " ) 例子 这是模拟不超过一定年龄或一定数量分类单元的网络的基本示例： library( NetSim ) library( phytools ) # > Warning: package 'phytools' was built under R version 3.5.3 # > Loading required package: ape # > Loading required package: maps # > Warn
【文件预览】：
NetSim-master
----NetSim.Rproj(414B)
----README.Rmd(2KB)
----man()
--------network.gsa.Rd(1KB)
--------sim.bdh.taxa.ssa.Rd(3KB)
--------figures()
--------make.linear.decay.Rd(688B)
--------deleteTips.Rd(481B)
--------make.polynomial.decay.Rd(759B)
--------read.net.Rd(2KB)
--------reconstructedNetwork.Rd(491B)
--------sim.bdh.age.Rd(4KB)
--------make.exp.decay.Rd(718B)
--------make.categorical.draw.Rd(639B)
--------make.stepwise.Rd(906B)
--------plottable.net.Rd(474B)
--------sim.bdh.taxa.gsa.Rd(3KB)
--------make.states.incompatible.Rd(597B)
--------make.allopolyploid.event.Rd(913B)
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--------write.net.Rd(2KB)
--------incompleteSampling.Rd(705B)
--------make.polyploid.model.Rd(4KB)
----NAMESPACE(543B)
----tests()
--------testthat()
--------testthat.R(57B)
----vignettes()
--------introduction.Rmd(23KB)
--------.gitignore(11B)
--------vignette.bib(23KB)
----.Rbuildignore(60B)
----LICENSE.md(34KB)
----.gitignore(29B)
----R()
--------sim.bdh.taxa.help.R(7KB)
--------sim.bdh.taxa.R(7KB)
--------read.net.R(10KB)
--------sim.bdh.age.R(5KB)
--------NetworkSim.R(15KB)
--------write.net.R(9KB)
--------make.functions.R(11KB)
--------network.gsa.R(2KB)
--------sim.bdh.age.help.R(20KB)
----DESCRIPTION(488B)
----README.md(3KB)