文件名称：matlab分时代码-gsmodutils:管理基因组规模代谢模型的实用框架
文件大小：2.62MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-10 14:16:52
系统开源
matlab分时代码gsmodutils-基因组规模模型开发和测试框架。 最初由诺丁汉SBRC开发，用于其基因组规模模型。 设计目标： 可移植性和互操作性。 模型有不同的格式-眼镜蛇JSON，matlab，SBML，ScrumPy等。该工具需要能够以这些格式导出和导入模型。 这使用户不仅可以利用python开发堆栈中的工具（例如CobraPy），还可以利用Matlab和OptKnock等其他应变设计方法。 这是通过允许将文件导出为各种格式的命令行api实现的。 这样可以确保遵循并保持良好的标准。 先前设计的可重用性。 不同设计的限制因素，React，基因和代谢产物可能难以管理。 通常，将存在一个基本应变，用户将在很长一段时间内对其进行修改。 同样，利用现有的同源途径或优化来进行设计的设计可以通过继承的设计方法重用。 模型的可测试性。 模型的有效性是很难衡量的方面。 为了匹配实验数据，不断进行手动管理需要用户检查条件。 因此，采用了一个测试框架，允许模型保持验证条件。 默认情况下，可以测试增加的增长限制和设计。 用户还可以使用python和JSON编写测试，以确保维持必要的途径并满足针对