文件名称：隐式格式的MATLAB代码-analysis_pipeline:analysis_pipeline
文件大小：14.86MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-11 01:40:40
系统开源
隐式格式的MATLAB代码#Summary这个分析管道仅仅是一个bash脚本，它将我们的结构和功能处理流汇集在一起。 它汇集了FSL和SPM的组件，并集成了一些自定义代码（通常以C ++实现）。 ＃软件要求。 该管道可用于OSX或Linux（已在CentOS / RedHat上测试）。 它需要安装FSL和SPM8。 为了我们的目的，将对SPM8配置进行一些调整。 对于OSX，它需要与Linux一致的readlink版本（即具有-f选项）。 安装 ###获取数据如果您正在阅读本文，那么您应该已经可以访问托管于的分析管道git存储库。 org。 第一步是将存储库克隆到本地文件夹中。 该位置取决于您，但是，如果您打算并行处理网格上的作业，则应将其复制到集中位置。 以下命令将克隆存储库， git clone https://bitbucket.org/etkinlab/analysis_pipeline 这将创建一个目录，其中包含运行管道所需的各种文件。 现在是时候设置环境变量了。 应该使用文件spm defaults.m代替spm分发的文件。 有两个区别：1）禁用隐式屏蔽（即，将阈值设置
【文件预览】：
analysis_pipeline-master
----analysis_pipeline_qc.sh(6KB)
----mni_bet_1mm_mask.nii.gz(120KB)
----check_highres2standard.sh(857B)
----avg_2_csv.sh(421B)
----bin()
--------run_alff_osx10.9(2.42MB)
--------run_alff_x86_64(2.09MB)
--------atlas_connectivity_x86_64(2.29MB)
--------Darwin()
--------Linux()
--------atlas_connectivity_osx10.9(2.69MB)
----run_fnirt_fine.sh(1KB)
----docs()
--------user_guide.tex(15KB)
--------user_guide.pdf(159KB)
----create_subject_report()
--------create_subject_report.cpp(15KB)
--------Makefile(882B)
--------etkin_snr.cpp(5KB)
----check_cons2std.sh(2KB)
----run_alff_only.sh(2KB)
----extractROIinfo.sh(5KB)
----first_2_func.sh(3KB)
----run_extract_indiFIRST.sh(6KB)
----firstseg_2_gm_mask.sh(319B)
----mni_bet_1mm.nii.gz(4.26MB)
----spm_smooth()
--------spm_smooth(2.42MB)
--------spm_smooth.cpp(5KB)
--------Makefile(584B)
----analysis_pipeline_createSPM_batch_script.sh(938B)
----check_example_func2highres.sh(946B)
----multi_session_xfmCons.sh(207B)
----average_warped_images.sh(589B)
----white_0.9_csf_0.5_mask.nii.gz(8KB)
----analysis_pipeline_compile_qc.sh(529B)
----analysis_pipeline_SPM_VOI.sh(4KB)
----run_append_atlas.sh(2KB)
----analysis_pipeline_SPM_PPI.sh(2KB)
----check_motion_parameters.sh(368B)
----analysis_pipeline.sh(87KB)
----run_ppi_on_old_spm_analysis.sh(1KB)
----copy_header_descrip.sh(777B)
----check_restingAtlas_2_func.sh(1KB)
----analysis_pipeline_SPMsliceTiming_and_mc.sh(9KB)
----first_2_mni.sh(3KB)
----interpret_motion_parameters()
--------._interpret_motion_parameters.cpp(4KB)
--------interpret_motion_parameters.cpp(4KB)
--------Makefile(816B)
----multi_session_createSPMjob.sh(5KB)
----run_struct_only.sh(1KB)
----README.md(7KB)
----analysis_pipeline_SPMcontrast.sh(4KB)
----analysis_pipeline_SPMsmooth.sh(6KB)
----multi_session.sh(18KB)
----spm_group_analysis.sh(386B)
----warp_resting_2_mni.sh(2KB)
----analysis_pipeline_SPMmodel.sh(11KB)
----analysis_pipeline_rm_glb_sig.sh(4KB)
----ppi_matlab_scripts()
--------spm_peb_ppi_brian.m(21KB)
--------get_ppi_task_matrix.m(443B)
--------etkinlab_voi.m(2KB)
--------get_number_of_sessions.m(157B)
--------spm_regions_brian.m(7KB)
--------etkinlab_ppi.m(5KB)
--------spm_ROI_brian.m(6KB)
----fnirt_fine_config()
--------T1_2_MNI152_2mm.cnf(2KB)
--------T1_2_MNI152_level2.cnf(2KB)
--------T1_2_MNI152_level3.cnf(2KB)
----spm_defaults.m(7KB)