mob-suite:MOB套件

【文件属性】：
文件名称：mob-suite:MOB套件
文件大小：5.42MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-02 19:41:45
clustering typing assemblies plasmids Python MOB-suite：用于对草图集中的质粒进行聚类，重建和分型的软件工具 介绍 质粒是可移动的遗传元件（MGE），可通过将新性状水平传播到不同的遗传背景，使细菌快速进化并适应新的生态位。 MOB套件被设计为用于从WGS装配体键入和重建质粒序列的模块化工具集。 MOB套件取决于一系列数据库，这些数据库太大而无法托管在git-hub中。 可以通过运行mob_init来下载或更新它们，或者如果是第一次运行任何工具，则如果未指定备用数据库位置，则数据库将自动下载并初始化。 但是，它们很大，因此第一次运行将花费很长时间，具体取决于您的连接和计算机的速度。 可以从或手动下载数据库。 我们在MOB-recon中新的自动染色体耗竭功能可以基于任何封闭的染色体序列集合，但是我们有一个预先建立的数据库。 引文 以下是描述MOB套件中使用的算法方法的手稿。 罗伯逊，詹姆斯和约翰·纳什（John HE Nash

【文件预览】：
mob-suite-master
----setup.py(2KB)
----MANIFEST.in(168B)
----LICENSE(0B)
----mob_suite()
--------mob_init.py(9KB)
--------singularity()
--------blast()
--------mob_recon.py(59KB)
--------mob_cluster.py(24KB)
--------__init__.py(0B)
--------databases()
--------constants.py(4KB)
--------utils.py(47KB)
--------wrappers()
--------mob_typer.py(23KB)
--------tests()
--------example()
--------version.py(23B)
--------config.json(180B)
--------conda()
----README.md(16KB)