文件名称：SIMPLI:SIMPLI是高度可配置的管道，用于分析多路复用成像数据
文件大小：44.99MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-08 09:44:31
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SIMPLI：从MultiPLexed图像中识别单细胞 SIMPLI是一个平台不可知管道，用于分析高度复用的组织学成像数据。 文献资料 有关SIMPLI及其使用的更多信息，请参见 。 安装 运行SIMPLI SIMPLI分析工作流程 快速开始 尝试SIMPLI： 安装 安装 运行： nextflow run ciccalab/SIMPLI -profile test 这将在此存储库中分发的最小示例数据集上运行SIMPLI。 有关示例数据集和相关分析工作流的更多详细信息，请参见。 引文 如果您使用SIMPLI进行分析，请引用： SIMPLI是开发的软件。 我们隶属于伦敦国王学院癌症研究学院和弗朗西斯·克里克研究所（Francis Crick Institute）。 SIMPLI由Michele Bortolomeazzi维护和开发： michele.bortolomeazzi@kc
【文件预览】：
SIMPLI-master
----.gitignore(252B)
----singularity()
--------recipes()
----nextflow.config(1KB)
----assets()
--------Fig1.png(804KB)
----LICENSE(9KB)
----main.nf(12KB)
----scripts()
--------Tiff_normalizer.R(3KB)
--------Distance_Calculator.R(2KB)
--------Area_Plotter.R(2KB)
--------workflows.nf(9KB)
--------Convert_to_cp4_metadata.R(2KB)
--------RunMultiCCA_Changed.R(4KB)
--------processes.nf(26KB)
--------Tiff_extracter.py(7KB)
--------Seurat_Runner.R(5KB)
--------Area_measurer.R(5KB)
--------Cell_Cluster_Plotter.R(6KB)
--------Clustered_Cell_Collecter.R(606B)
--------Cell_type_selecter_mask.R(6KB)
--------Homotypic_spatial_analysis.R(2KB)
--------Homotypic_spatial_plotting.R(3KB)
--------Cell_Type_Plotter.R(8KB)
--------Plot_Functions.R(16KB)
--------Cell_Threshold_Plotter.R(9KB)
--------CP4_metadata_maker.R(2KB)
--------Cell_type_selecter_expression.R(2KB)
--------expression_threshold.R(1KB)
--------Heterotypic_spatial_plotting.R(2KB)
----README.md(2KB)
----test()
--------metadata()
--------example_run.config(3KB)
--------cellprofiler_pipelines()
--------raw_data()