Algae_review_test

【文件属性】：

文件名称：Algae_review_test

文件大小：221.02MB

文件格式：ZIP

更新时间：2024-04-28 09:04:37

Python

藻类评论-系统转录组分析管道 引用：Cheon，S.，Zhang，J.和Park，C.，2020。系统进化组学与系统发育组学一样可靠吗？ 分子生物学与进化，37（12），pp.3672-3683。 ##注意事项：一致的文本格式有助于重新编写信息。 表示Linux shell和python脚本的参数，例如输入文件名或整数值。 要求 硬件32核处理器（推荐> 8核处理器） 256 Gb（千兆字节）的RAM（推荐> 120 Gb的RAM） 原始测序数据和已处理数据需要> 1 TB的空间Ubuntu 16.04 LTS（推荐LTS版本） 互联网可访问环境 软件带有Python2.7 JAVA 1.8（或更高版本） cmake （2.10.8或更高版本） （v 0.36或更高） （v 2.2.0或更高版本） （v 2.3.0或更高版本） （2.3.5.1或更高版本） （v 3.

【文件预览】：
Algae_review_test-main
----Quick start guideline for example raw data download.md(187B)
----Example()
--------Heterocapsa_arctica_SRR1300520.fix.fa(11.16MB)
--------Protoceratium_reticulatum_SRR1296738.fix.fa(19.1MB)
--------Noctiluca_scintillans_SRR1296929.fix.fa(15.99MB)
--------Kryptoperidinium_foliaceum_SRR1296840.fix.fa(14.75MB)
--------Gymnodinium_catenatum_SRR1296705.fix.fa(25.85MB)
--------Crypthecodinium_cohnii_SRR5277468.fix.fa(29.85MB)
--------Alexandrium_minutum_ERR1558595.fix.fa(31.52MB)
--------Heterocapsa_rotundata_SRR1296810.fix.fa(12.2MB)
--------Alexandrium_pacificum_CNUm.fix.fa(38.07MB)
--------Alexandrium_affine_CNUm.fix.fa(40.36MB)
--------Symbiodinium_minutum_Mf105b01_DRR003869.fix.fa(22.73MB)
--------Gonyaulax_spinifera_SRR1300518.fix.fa(9.78MB)
--------Durinskia_baltica_SRR1296839.fix.fa(21.02MB)
--------Scrippsiella_trochoidea_SRX1032815.fix.fa(56.15MB)
--------Amphidinium_carterae_SRR1610335.fix.fa(21.04MB)
--------Perkinsus_marinus_SRR1154655_outgroup_fix.fa(6.23MB)
--------Lingulodinium_polyedrum_SRX090641.fix.fa(39.96MB)
--------Polarella_glacialis_SRR401178.fix.fa(18.59MB)
--------Brandtodinium_nutricula_SRR1300537.fix.fa(17.77MB)
--------Heterocapsa_triquetra_SRR1296978.fix.fa(15.53MB)
--------Oxyrrhis_marina_SRR1296901.fix.fa(20.6MB)
----ExampleRawData()
--------2.File_name_change_Genus_Species.sh(3KB)
--------1.Example_data_download_with_fastq-dump.sh(2KB)
----supermatrix_concatenate.py(3KB)
----Quick start guideline from translated de novo assembled transcripts with example dataset.md(529B)
----README.md(7KB)
----fix_names_from_CDhit.py(480B)
----installation.md(1B)
----singlecopy_from_OrthoFinder.py(1KB)
----phyutility_Wrapper.py(1KB)
----prank_Wrapper.py(788B)