文件名称：sommatlab代码-SOM_VN:SOM_VN
文件大小：37.19MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-15 07:10:48
系统开源
som matlab代码入门 该存储库包含我们的论文《具有可变邻域的自组织映射》中使用的形状和内部脚本，从而有助于学习与调控元素相关的染色质可及性信号形状。 该存储库中的代码可用于注释新的染色质可访问性样本或学习新的形状。 我们还提供了用于复制结果的代码。 我们的代码旨在在Unix环境中使用，并且可以使用命令行界面运行。 依存关系 Python 2.7或更高版本。 请注意，必须将您的Python版本编译为使用UCS2。 您可以通过在Python命令行上运行以下命令来检查此问题： import sys print sys.maxunicode如果使用UCS2，则应打印65535 。 wig_split.py。 这可以通过存储库获得。 注意：我们计划发布不具有此依赖关系的将来版本。 GCC编译器。 我们的某些文件I / O脚本是用C编写的，需要使用GCC进行编译。 这在大多数Unix系统上应该可用。 床工具。 这可以安装。 Unix实用程序shuf，cut和awk。 这些应该在大多数Unix系统上可用。 Python模块numpy，scipy，HTSeq，argparse，logging，