文件名称：吉布斯采样matlab代码-hdp:Rpkg用于分层Dirichlet过程
文件大小：2.48MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-16 23:41:46
系统开源
吉布斯采样matlab代码hdp R pkg用于分层Dirichlet过程 要安装，请首先确保已安装devtools软件包并且BioConductor信息库可用（运行setRepositories() ）。 下载所有丢失的依赖关系并构建渐近线可能需要几分钟。 devtools :: install_github( " nicolaroberts/hdp " , build_vignettes = TRUE ) 有关教程，请参见browseVignettes("hdp") 。 在MacOS和Linux上可以使用，但在Windows上可能无法安装。 R包可使用分层Dirichlet流程对分类计数数据进行建模。 包括初始化任何形状的HDP，执行后验分布的吉布斯采样以及分析输出的功能。 基本理论由Teh等人描述。 （等级Dirichlet流程，美国统计协会杂志，2006，101：476）。 该R包改编自Yee Whye Teh编写的开源MATLAB和C代码，可在此处获得 Copyright (c) 2015 Genome Research Ltd. Author: Nicola Roberts
【文件预览】：
hdp-master
----vignettes()
--------mutation_signatures.Rmd(14KB)
--------general.Rmd(19KB)
----NAMESPACE(2KB)
----DESCRIPTION(2KB)
----src()
--------R-conparam.h(261B)
--------R-utils.h(2KB)
--------R-conparam.c(2KB)
--------R-dp.c(4KB)
--------R-multinomial.c(3KB)
--------R-base.c(2KB)
--------R-base.h(309B)
--------R-dp.h(378B)
--------randutils.h(531B)
--------R-utils.c(3KB)
--------R-hdpMultinomial_iterate.c(786B)
--------R-hdpMultinomial_iterate.h(196B)
--------R-multinomial.h(761B)
--------R-hdp.h(1006B)
--------randutils.c(3KB)
--------R-hdp.c(20KB)
----inst()
--------CITATION(869B)
----R()
--------plot_chain.R(4KB)
--------iterate.R(393B)
--------hdp_prior_init.R(5KB)
--------utilities.R(2KB)
--------aaa-generics-input.R(12KB)
--------hdp_getstate.R(505B)
--------dp_freeze.R(2KB)
--------plot_components.R(14KB)
--------hdp_posterior.R(5KB)
--------aaa-generics-output.R(13KB)
--------hdp_extract_components.R(14KB)
--------cull_posterior_samples.R(2KB)
--------zzz.R(195B)
--------hdp_setdata.R(2KB)
--------hdp_multi_chain.R(973B)
--------dp_activate.R(4KB)
--------hdp.R(3KB)
--------hdp_addconparam.R(2KB)
--------stirling.R(925B)
--------utilities_nr3.R(1KB)
--------aaa-classes-input.R(6KB)
--------aaa-classes-output.R(11KB)
--------hdp_init.R(5KB)
--------hdp_adddp.R(4KB)
--------hdp_quick_init.R(3KB)
----.travis.yml(251B)
----.Rbuildignore(55B)
----LICENSE(6KB)
----README.md(2KB)
----data()
--------example_data_hdp_prior.rda(1KB)
--------example_data_hdp.rda(185B)
--------hdp_p.rda(364KB)
--------example_known_priors.rda(197B)
--------luad_multi.rda(845KB)
--------mut_count.rda(12KB)
--------mut_example_multi.rda(1.2MB)
----man()
--------hdpState-class.Rd(3KB)
--------hdp_multi_chain.Rd(561B)
--------mut_example_multi.Rd(1012B)
--------dp_activate.Rd(2KB)
--------plotchain.Rd(2KB)
--------comp_categ_counts.Rd(589B)
--------hdp_extract_components.Rd(1KB)
--------hdpSampleChain-class.Rd(6KB)
--------hdp_setdata.Rd(1KB)
--------hdpBase-class.Rd(783B)
--------prop.ex.Rd(362B)
--------hdp_addconparam.Rd(1KB)
--------comp_dp_distn.Rd(629B)
--------plotcomp.Rd(4KB)
--------hdpConparam-class.Rd(1KB)
--------hdp_init.Rd(2KB)
--------hdpDP-class.Rd(1KB)
--------example_data_hdp_prior.Rd(565B)
--------hdpSampleMulti-class.Rd(4KB)
--------comp_dp_counts.Rd(565B)
--------luad_multi.Rd(579B)
--------numcomp.Rd(334B)
--------comp_cos_merge.Rd(329B)
--------hdp_p.Rd(454B)
--------hdp_posterior.Rd(2KB)
--------hdp_adddp.Rd(2KB)
--------mut_count.Rd(655B)
--------comp_categ_distn.Rd(686B)
--------dp_freeze.Rd(1KB)
--------cull_posterior_samples.Rd(1KB)
--------hdp_prior_init.Rd(2KB)
--------example_known_priors.Rd(482B)
--------example_data_hdp.Rd(521B)
--------hdp_quick_init.Rd(2KB)
----tests()
--------testthat()
--------testthat.R(50B)
----.gitignore(66B)
----data-raw()
--------example_data_hdp.R(3KB)
--------somatic_cancer_alterations_example.R(5KB)
----hdp.Rproj(387B)