文件名称：PacMin:用于 PacBio 读取的汇编程序。 Apache 2 许可
文件大小：50KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-09 02:52:38
Scala
吃豆子 用于 PacBio 读取的汇编程序。 方法 我们将使用 MinHash 草图方法重叠 PacBio 读取： Berlin, Konstantin, et al. "Assembling Large Genomes with Single-Molecule Sequencing and Locality Sensitive Hashing." bioRxiv (2014): 008003. 一旦reads重叠，我们将把reads组装成一个字符串图。 字符串图描述如下： Myers, Eugene W. "The fragment assembly string graph." Bioinformatics 21.suppl 2 (2005): ii79-ii85. 我们不假设读取是“正确的”； 相反，我们将保持字符串图中片段之间的“概率”重叠。 一旦我们获得了这些概率重叠，我
【文件预览】：
PacMin-master
----.gitignore(49B)
----pacmin-distribution()
--------src()
--------pom.xml(2KB)
----pacmin-cli()
--------src()
--------pom.xml(5KB)
----bin()
--------pacmin-spark-defaults.conf(1000B)
--------compute-pacmin-classpath.sh(1KB)
--------compute-pacmin-jars.sh(1KB)
--------pacmin-submit(2KB)
----CONTRIBUTING.md(3KB)
----LICENSE(11KB)
----pom.xml(15KB)
----scripts()
--------format-source(161B)
--------changelog.sh(1KB)
--------release()
----README.md(2KB)
----LICENSE_header.txt(743B)
----docs()
--------.gitignore(13B)
--------template.tex(4KB)
--------style.css(1KB)
--------build.sh(1KB)
--------source()
----pacmin-core()
--------src()
--------pom.xml(4KB)