【文件属性】：
文件名称：matlab代码影响-Baysor:空间转录组学数据的贝叶斯分割
文件大小：90KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-22 07:56:33
系统开源
matlab代码影响
贝索尔
湾esian小号egmentation华氏度空间Ťřanscriptomics数据
新闻（[0.4.3]
—
2021-04-06）
改进的分子簇聚
添加了选项--save-polygons=GeoJSON以GeoJSON格式保存单元边界多边形
固定绘图性能
当先前的细分作为CSV列提供时估算比例
有关更多细节，请参见。
抽象的
空间转录组学是新兴的技术堆栈，它为传统的单细胞RNA测序增加了空间维度。
基于原位测序或多重RNA荧光原位杂交的新方案可记录单个分子在固定组织切片中的位置。
但是，在单个细胞级别分析此类数据需要准确识别细胞边界。
尽管许多现有方法都可以使用细胞核染色剂来估计细胞中心的位置，但当前的协议并未在细胞膜上报告强健的信号，从而使准确的细胞分割成为下游分析和数据解释的关键障碍。
为了应对这一挑战，我们开发了用于湾工具esian小号egmentation华氏度空间Ťřanscriptomics数据（Baysor），从而优化分割考虑转录组成，大小和小区形状的可能性。
贝叶斯方法可以考虑核或细胞质染色，但是也可以仅基于检测到的分子进行分割。
我们
【文件预览】：
Baysor-master
----docker()
--------Dockerfile(2KB)
----configs()
--------osm_fish.toml(120B)
--------example_config.toml(2KB)
--------merfish.toml(122B)
--------starmap.toml(122B)
--------iss.toml(119B)
----src()
--------segment_cells.jl(34B)
--------utils()
--------models()
--------data_processing()
--------distributions()
--------bmm_algorithm()
--------Baysor.jl(1KB)
--------cli_wrappers.jl(25KB)
----Project.toml(2KB)
----examples()
--------osm-FISH()
--------STARmap()
--------iss()
----.travis.yml(2KB)
----LICENSE(1KB)
----test()
--------runtests.jl(9KB)
----Manifest.toml(45KB)
----README.md(12KB)
----.gitignore(127B)
----bin()
--------build.jl(442B)
--------Makefile(2KB)
----CHANGELOG.md(1KB)