文件名称：pathway-reconstruction-enhancer:途径重建框架
文件大小：262KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-07 04:05:53
snakemake network omics workkflow Python
简化信令通路重建 此存储库是正在进行中的dockerized路径重建增强工具库。该框架将包含不同的图算法，这些图算法在一般的蛋白质-蛋白质相互作用网络的背景下连接目标基因和蛋白质，从而使用户可以在其输入上运行多种算法。该库的灵感来自于单细胞转录组学工具，例如和 ，它们为许多相关算法提供了统一的接口。 现在，此回购包含了集成到单个框架中的所有部分。这是一项正在进行的工作。最新功能可以在development分支上找到。 成分 配置文件：指定要运行的路径重构算法，要使用的超参数组合以及要对其运行的数据集。 Snakemake文件：定义一个工作流程，以在具有所有指定超参数的所有数据集上运行所有路径重建算法。 Dockerized路径重构算法：路径重构算法是使用docker-py Python软件包通过Docker映像运行的。 是第一个使工作流和设计原型化的算法。 用于调用算法的Python包
【文件预览】：
pathway-reconstruction-enhancer-master
----.gitignore(2KB)
----Snakefile(10KB)
----run.py(4KB)
----draft-interface.py(3KB)
----LICENSE(1KB)
----parser.py(278B)
----README.md(2KB)
----Config-Files()
--------config.yaml(4KB)
----input()
--------data1-sources.txt(2B)
--------data1-nodes.txt(4B)
--------data1-targets.txt(2B)
--------data1-network.txt(8B)
----docker()
--------Dockerfile(331B)
--------env.yml(67B)
--------README.md(2KB)
--------input()
--------docker-demo.py(2KB)