文件名称：otu2ot:使用R包确定DNA序列的寡聚型
文件大小：209KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-05 04:57:55
R
otu2ot AR包装，可从DNA序列确定寡聚型。 该软件包提供了R脚本来执行寡聚化方法（ ），作为一种通过16S rRNA基因序列内细微核苷酸变异探索微生物模式的方法。 R包显示在：Ramette和Buttigieg，“用于在序列数据中实现核苷酸变异的熵分解的R包otu2ot”，Front。 Microbiol。，2014年11月14日| doi：10.3389 / fmicb.2014.00601 原始的寡型纸描述于：Eren等。 2013年生态与进化方法。 4,1111-1119。 doi：10.1111 / 2041-210X.12114。 安装 A）假设文件“ otu2ot_1.4.tar.gz”位于目录“ C：/ R / oligotyping /”中，请在您的R控制台中键入： setwd（“ C：/ R / oligotyping /”） install.pa
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otu2ot-master
----NAMESPACE(31B)
----R()
--------OnePassProfiling.R(1KB)
--------plotEntropy.R(2KB)
--------MED.R(3KB)
--------FilterTablebyBSM.R(677B)
--------plot.lm.ci.R(883B)
--------SampleXOT_Table.R(1KB)
--------OnePassProfilingMat.R(1KB)
--------ImportFastaAlignment.R(778B)
--------Check.entropy.nseq.R(239B)
--------MEDMat.R(3KB)
--------GetEnvironmentDatafromFileR.R(1KB)
--------CalcEntropy.word.R(156B)
--------Count.BrokenStick.R(1KB)
--------CalcEntropy.seq.R(308B)
----data()
--------mock.fasta.rda(31KB)
--------HGB_0013.fasta.rda(45KB)
----otu2ot_1.4.tar.gz(52KB)
----LICENSE(1KB)
----man()
--------Check.entropy.nseq.Rd(2KB)
--------plot.lm.ci.Rd(1KB)
--------GetEnvironmentDatafromFileR.Rd(2KB)
--------MEDMat.Rd(2KB)
--------SampleXOT_Table.Rd(2KB)
--------HGB_0013.fasta.Rd(543B)
--------otu2ot-package.Rd(426B)
--------MED.Rd(1KB)
--------Count.BrokenStick.Rd(1KB)
--------mock.fasta.Rd(911B)
--------CalcEntropy.seq.Rd(2KB)
--------CalcEntropy.word.Rd(2KB)
--------ImportFastaAlignment.Rd(2KB)
--------plotEntropy.Rd(2KB)
--------OnePassProfiling.Rd(3KB)
--------OnePassProfilingMat.Rd(3KB)
----otu2ot_1.4.zip(93KB)
----README.md(1KB)
----DESCRIPTION(667B)