FreeSurfer5.3.0下载安装配置

安装配置完了FreeSurfer，整理了步骤，分享给大家。医学图像处理，或者脑功能影像处理分析时，需要用到的软件。觉得有用，就点个赞吧。
操作系统：linux

下载网址

ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/5.3.0-HCP

安装说明网址：

http://freesurfer.net/fswiki/DownloadAndInstall

第一步：在终端里输入以下内容，把安装包厢解压到需要安装的路径去。

$sudo tar -C /usr/local –xzvf freesurfer-Linux-centos4_x86_64-stable-pub-v5.3.0-HCP.tar.gz

第二步：配置环境变量

在终端里输入以下内容：

## bash

$> export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer

$> source$FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

第三步：注册获得许可

# register and get liceence

去安装说明的网址，找到注册的地方，填入信息。

在邮箱里收到了4行文字，是我们获得的许可证。

第四步：应用许可证

建立一个license.txt，把那4行文字复制进去。

用管理员权限，把license.txt复制到freesurfer的安装路径中去。

sudo cp 替换成你放置这个文件的路径/license.txt $FREESURFER_HOME/

比如：sudo cp /home/license.txt $FREESURFER_HOME/

1）复制一个文件到一个指定的测试文件夹去

$ cp $FREESURFER_HOME/subjects/sample-001.mgz /homefreesurfer_license

2）打开这个测试的文件夹，即使的终端工作在这个文件夹下

$ cd/home/freesurfer_license

3）使用freesurfer的命令

$ mri_convertsample-001.mgz sample-001.nii.gz

4）结果显示如下：

it showsthe following:

mri_convertsample-001.mgz sample-001.nii.gz

$Id:mri_convert.c,v 1.179.2.7 2012/09/05 21:55:16 mreuter Exp $

readingfrom sample-001.mgz...

TR=7.25,TE=3.22, TI=600.00, flip angle=7.00

i_ras =(-0, -1, -0)

j_ras =(-0, 0, -1)

k_ras =(-1, 0, 0)

writingto sample-001.nii.gz...

到此处为止，安装成功了。

但是每次都需要手动配置环境变量，如果希望可以打开直接就能用，就需要自己把freesurfer的安装路径配置到系统环境变量文件里。

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