你按这几个步骤去做，就能解决问题：
1.把/tomcat/webapps/目录清空，删掉该文件夹的所有内容，
2.修改/tomcat/conf/web.xml文件:
default
org.apache.catalina.servlets.DefaultServlet
debug
0
listings
true
1
3.修改/tomcat/conf/server.xml文件:
其实就是给工程配置虚拟路径，这样tomcat在启动的时候直接找到你的工程了,你上传的图片就不会跑到/tomcat/webapps/目录，而是直接到了你的工程里,不管你怎样重启项目，或者清理缓存，上传的文件依然存在!
部署web项目，别在eclipse中点来点去的部署，那样虽然快捷，但实际上是复制项目到tomcat，有很多弊端！
修改tomcat的配置文件正好解决这个问题，反过来想一想，javaweb项目的服务器一般都是linux系统，linux系统中不可能安装eclipse，
所以在linux系统中部署项目，就是修改配置文件，然后运行命令启动tomcat，这样部署后，request.getSession().getServletContext().getRealPath("/");得到的是项目的WebRoot根目录，比如：D:\project\myProject\prjName\WebRoot，上传文件时的文件夹自然就会创建在项目中，如果你在eclipse中点来点去的部署，得到的却是tomcat的webapps根目录，文件夹就会创建在tomcat中，D:\project\myProject\prjName\WebRoot 这个路径是项目的web根目录，prjName是项目名称, 那么D:\project\myProject\prjName\src 就是你存放java文件的根目录了,/ser 就是项目应用的名称了，或者说是上下文路径，这个名称可以随意修改
如果你的tomcat端口是 8080, 那么项目的访问路径就是 http://localhost:8080/ser
上传时就会在D:\project\myProject\prjName\WebRoot\ 目录中创建文件夹,不管你怎样重启项目，或者清理缓存，上传的文件依然存在, 因为上传的文件都已经存在于你的项目中,这样方式只需要部署一次，没有重新部署的说法
如果你是在eclipse中点来点去的部署项目，也就等于是把D:\project\myProject\prjName\WebRoot目录的所有文件和文件夹都复制到了 /tomcat/webapps/prjName/目录下，那么项目的访问路径就是 http://localhost:8080/prjName
上传时就会在 /tomcat/webapps/prjName/ 目录中创建文件夹,只要重新部署或清理缓存，上传的文件都烟消云散了,因为重新部署时，先删除 /tomcat/webapps/prjName/ 目录，再复制一遍D:\project\myProject\prjName\WebRoot目录的所有文件和文件夹。
引于：http://blog.sina.com.cn/s/blog_5446eca40101ijpw.html