1. R包介绍
R的包（package）通常有两种:
2. R包安装
2.1 源代码安装
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# R CMD INSTALL /.../myPackage.tar.gz
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使用此方法，需要解决包依赖问题，即安装此包所依赖的包，安装过程有提示。
2.2 内置install.packages()函数安装
使用install.packages()安装，比较简便，联网即可装，装了就可用。使用这种方法安装包时，R会自动安装依赖的包。如果出现安装报错，可能的原因是缺少依赖的系统文件。同时，需要注意的是，一些R包只能在特定的平台上使用。比如Rsubread不能在Windows操作系统下使用。
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install.packages('myPackage')
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同时，可以使用install.packages()安装本地下载的包，尤其适用于在服务器上安装包
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install.packages(
c('XML_0.99-5.tar.gz', '../../Interfaces/Perl/RSPerl_0.8-0.tar.gz'),
repos = NULL,
configure.args = c(XML = '--with-xml-config=xml-config', RSPerl = '--with-modules= "IO Fcntl"'))
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3. R包版本查询和更新
R和R包版本查询
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# 在启动的R中执行
R.version
# R包版本
packageVersion('myPackage')
# 查询当前R的详细信息，包括R版本、R包版本、命名空间等
sessionInfo()
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CRAN包更新
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# 可以定期执行以下
update.packages()
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Bioconductor的安装和更新方法
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source('http://bioconductor.org/biocLite.R')
biocLite('myPackage')
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4. 卸载R包
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remove.packages('myPackage')
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5. R包相关函数
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# 查看包的安装目录
.libPaths()
# 查看已经安装的包目录
library()
# 查看已安装包信息
installed.packages()
# 载入myPackage包
library(myPackage)
require(myPackage)
# 查看当前载入的包
search()
# 查看启动R时自动载入的包。
getOption('defaultPackages')
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6. 帮助信息查询
6.1 R和R包帮助信息
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# 查询R HOME安装地址
Sys.getenv('R_HOME')
# 查询用户HOME地址
Sys.getenv('HOME')
# 查看某个“函数”或者“方法”的详细内容
?myFunction
?myMethod
# 关键词查询
??myKeyword
# 查看已经安装包的详细HTML文档
help.start()
# 搜索R网站上的“helpinfor”相关信息
RSiteSearch('helpinputinfor')
# 查看“myPackage”的帮助
help(package = 'myPackage')
# 有的包，特别是bioconductor的包有vignette，用函数查看
vignette('myPackage')
# 这个函数也可以查看vignette，更好用一些
openVignette('myPackage')
# 展示一些包中demostration
demo('package')
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6.2 查询对象信息
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# 查看"myPackage"中的所有对象
ls('package:myPackage')
# 查看函数的参数
args(myFunction)
# 自动运行该函数帮助文档中的例子
example(myFunction)
# 查看某个对象的模式（mode）
mode(myObject)
# 查看某个对象的属性（attribute）
attributes(myObject)
# 快速查看某个对象的信息
# 尤其适用于对象有很多行/列
str(myObject)
# 查看某个对象的类
class(myObject)
# 查询某个中某个类的帮助信息，举例如下
class?graph::graph
# 查看某个S3泛型函数中所有的方法或者一个类中所有的方法（S3：S version 3）
methods('myMethods')
# 查看S4类的方法
showMethods(class = 'myClass')
# 查看某个类或者包的具体内容
getClass('class/package')
# 查看某个类的slot
getSlots('class')
# 查看某个对象的slot
slotNames(myObject)
# 访问对象的slot值使用@，可以连续用
Myobject@slotNames
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7. 查看函数源代码
7.1 普通函数源代码
直接输入函数名称，不加后面的括号。比如:
7.2 查询S3/S4函数源代码
因为如果使用了R的S3和S4方法，可能一个函数名称对应的多个不同的方法（对应不同的对象）。这时，采用的策略是：
查询函数对应的方法
查询具体方法对应的源代码
比如t.test的源代码
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> t.test
function (x, ...)
UseMethod("t.test")
<bytecode: 0x244a248>
<environment: namespace:stats>
# 查询S3对象的方法
> methods('t.test')
[1] t.test.default* t.test.formula*
Non-visible functions are asterisked
# 查看源代码，三种方法
> getAnywhere('t.test.default')
> getS3method('t.test','default')
> stats:::t.test.default
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另外一个例子，查询affy包中pm()的源代码：
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> library(affy)
> pm
standardGeneric for "pm" defined from package "affy"
function (object, ...)
standardGeneric("pm")
<environment: 0x4496f10>
Methods may be defined for arguments: object
Use showMethods("pm") for currently available ones.
> findMethods('pm')
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转自：http://yulongniu.bionutshell.org/blog/2010/09/04/linux-install-r/
