S3C2440中有三种时钟，分别是FCLK，HCLK和PCLK。这三种时钟的功能各不相同，其中FCLK主要是为ARM920T的内核提供工作频率，如图：
HCLK主要是为S3C2440 AHB总线（Advanced High performance Bus）上挂接硬件提供工作频率，AHB总线主要挂接有内存，NAND，LCD控制器等硬件，如图：
PCLK主要是为APB总线提供频率，APB总线上主要挂载UART、WatchDog等硬件控制器，如图：
S3C2440上的时钟源是12MHz，如果想让CPU工作在更高频率上，就需要通过PLL（锁相环）来提高主频。S3C2440上的PLL有两种，一种是MPLL，它是用来产生FCLK、HCLK、PCLK的高频工作时钟；还有一种是UPLL，用来为USB提供工作频率。
从时序图中，我们可以看到，上电之后，如果什么都不设置，FCLK和晶振的频率相等。当设置PLL后，CPU并不是马上就使用设置好的高频时钟，而是有一段锁定时间，在这段时间里，CPU停止运行，等12MHz变成高频时钟稳定以后，整个系统再重新运行。
开启MPLL的过程： 1、设置LOCKTIME变频锁定时间
2、设置FCLK与晶振输入频率（Fin）的倍数
3、设置FCLK，HCLK，PCLK三者之间的比例
从手册上可以看到，LOCKTIME的默认时间是0xFFFFFFFF，控制方法如图：
FCLK与Fin的倍数通过MPLLCON寄存器设置，三者之间有以下关系：
MPLL(FCLK) = (2*m*Fin)/(p*2^s)
其中：m = MDIV + 8, p = PDIV + 2, s = SDIV
PLL配置寄存器如图：
当设置完MPLL之后，就会自动进入LockTime变频锁定期间，LockTime之后，MPLL输出稳定时钟频率。
FCLK、HCLK、PCLK的设置比例如图：
而设置HDIVN和PDIVN的值是通过设置CLKDIVN来完成的，如图：
如果HDIV设置为非0，CPU的总线模式要进行改变，默认情况下FCLK = HCLK，CPU工作在fast bus mode快速总线模式下，HDIV设置为非0后， FCLK与HCLK不再相等，要将CPU改为asynchronous bus mod异步总线模式，可以通过下面的嵌入汇编代码实现：
__asm__(
"mrc p15, 0, r1, c1, c0, 0\n" /* 读出控制寄存器 */
"orr r1, r1, #0xc0000000\n" /* 设置为“asynchronous bus mode” */
"mcr p15, 0, r1, c1, c0, 0\n" /* 写入控制寄存器 */
);