在IIS中，应用程序与虚拟目录特别容易混淆，但两者又是完全不同的概念. 应用程序是一个逻辑边界，这个边界可以分隔网站及其组成部分。虚拟目录则是一个真实的指针，这个指针指向了一个本地或远程的物理路径。虚拟目录总是存在于应用程序之中，一个应用程序可以包括多个虚拟目录。
1. 应用程序：
一般情况下，一个应用程序就是一个网站（但不是所有情况），而应用程序中如果再创建应用程序，那么它就是这个网站的子应用，比如我们常见的，前台用户浏览功能与后台管理功能，这样我们可以分成两个子应用，不过我们也可以通过应用程序框架来实现此功能，而并不一定是依赖于IIS应用程序功能，IIS中应用程序的存在意义大概也就如此了吧。
2. 虚拟目录：
虚拟目录的存在意义，我们可以理解为分布式的一种实现手段。说到虚拟目录，我们有必要引出物理路径的概念。物理路径是磁盘上实际存在的路径，而虚拟目录是物理路径的指针，相当于快捷方式。有了虚拟目录功能，我们就可以将网站的组成部分放在我们想放的任何地方，而不只局限于我们创建网站应用程序的磁盘。
如果没有虚拟目录，假如我们在D盘创建了个网站，那么这个网站所有的组成部分，比如图片，程序代码，模板文件，有的甚至有视频文件，这些目录和文件都只能在D盘的这个网站目录下，这样网站应用才可以运行。而有了虚拟目录功能，我们可以用虚拟目录指向其它盘符，或者是指向一个网络路径，这样网站的组成部分就不局限于网站应用所在的磁盘，实现了文件分布式存储，也突破了磁盘容量上限的瓶颈。
在IIS中，应用程序是可以选择应用程序池的，这说明其是一个独立的整体，虽然我们有时给应用创建子应用，但它并不依赖父应用，而是独立的。而虚拟目录是不可以选择应用程序池的，这也说明了它是应用程序的组成部分。
3. 例子:
做一个图片展示类的网站，或者其他需要用户上传文件的网站，需要将用户上传的文件保存到一个Uploadfiles文件夹下，一般我们在做项目时用户上传的文件都是保存在网站项目的同目录下，而考虑到随着网站的逐渐运行，这个Uploadfiles文件肯定会越来越大。所以，考虑到这一点，我就想能不能实现将这个Uploadfiles文件夹放在其他的磁盘目录下，比如网站项目放在服务器C盘下，而Uploadfiles文件夹放在D盘下。
开始考虑用虚拟目录来实现，但是又担心项目中在使用该目录时会出现找不到目录的问题。后来测试发现需要注意一个地方，就不会报错了。
网站项目：
Default.aspx页面用于向虚拟目录中写入数据；Web.aspx页面用于读取虚拟目录中的数据。
搭建到IIS中的目录结构：
Upload文件夹为我创建的虚拟目录，引用的是其他磁盘下的一个文件夹。
通过高级设置中可以看到：
说明：
这里为了模拟向虚拟目录中传入数据，用向文本文档中写入数据来测试。
Default.aspx页面中的代码：
protected void Page_Load(object sender, EventArgs e)
{
string path = Server.MapPath("~/Upload/eds.txt"); using (StreamWriter sw=new StreamWriter(path,true))
{
Random r = new Random();
sw.Write("我又加了一条 "+r.Next(0,100)+" <br/>");
}
Response.Write("ok");
}
Web.aspx页面中的代码：
protected void Page_Load(object sender, EventArgs e)
{
string path = Server.MapPath("~/Upload/eds.txt"); using (StreamReader sr = new StreamReader(path, true))
{
Response.Write(sr.ReadToEnd());
}
}
运行，数据就会写入到虚拟目录中了，和真实目录效果一样。
在几次测试过程中出现了一次错误：
这种情况下，将应用程序池由集成模式改为经典模式就能运行了。
测试效果:
写入数据：
显示数据：
