下列所用到的数据均为千人基因组数据库
1、通过vcftools计算FST
命令行如下：
./vcftools --vcf input_data.vcf --weir-fst-pop population_1.txt --weir-fst-pop population_2.txt --out pop1_vs_pop2
其中，input_data.vcf就是输入的vcf格式
population_1.txt的格式如下：
population_2.txt的格式同population_1.txt，只有一列sample名字的信息。
计算之后，会得到两个文件格式，分别为.log和.fst,如图下所示：
2、通过gcta计算FST
命令行如下：
gcta64 --bfile test --fst --sub-popu subpopu.txt --out test
其中，bfile文件W为plink二进制格式文件，后缀分别为.bed、.bim、.fam
subpopu.txt的输入格式如图下所示：
解释下subpopu.txt这三列的意思。第一列为样本数，第二列为样本的ID，第三列为每个样本对应的population（如CHB、GWD）
其中，CHB为其中一个population，GWD为另一个population。
得到的结果文件为.fst格式，如图下所示：
参考链接：
http://cnsgenomics.com/software/gcta/#Fst
http://vcftools.sourceforge.net/documentation.html