方法一：
1、在DOS窗口下输入net stop mysql5 或 net stop mysql
2、开一个DOS窗口，这个需要切换到mysql的bin目录。
一般在bin目录里面创建一个批处理1.bat,内容是cmd.exe运行一下即可就切换到当前目录，然后输入mysqld-nt --skip-grant-tables;
或
mysqld --skip-grant-tables;
不要关闭窗口
3、再开一个DOS窗口，mysql -u root
4、输入：
use mysql
update user set password=password("new_pass") where user="root";
flush privileges;
exit
5、使用任务管理器，找到mysqld-nt的进程，结束进程
或下面的步骤
1，停止MYSQL服务，CMD打开DOS窗口，输入 net stop mysql
2，在CMD命令行窗口，进入MYSQL安装目录 比如E:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.0\bin
示范命令:
输入 e:回车,
输入cd "E:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.0\bin"
注意双引号也要输入,这样就可以进入Mysql安装目录了.
3，进入mysql安全模式，即当mysql起来后，不用输入密码就能进入数据库。
命令为： mysqld-nt --skip-grant-tables
4，重新打开一个CMD命令行窗口，输入mysql -uroot -p，使用空密码的方式登录MySQL（不用输入密码，直接按回车）
5，输入以下命令开始修改root用户的密码（注意：命令中mysql.user中间有个“点”）
mysql> update mysql.user set password=PASSWORD('新密码') where User='root';
6，刷新权限表
mysql> flush privileges;
7，退出
mysql> quit
这样MYSQL超级管理员账号 ROOT已经重新设置好了，接下来 在任务管理器里结束掉 mysql-nt.exe 这个进程，重新启动MYSQL即可！（也可以直接重新启动服务器）
MYSQL重新启动后，就可以用新设置的ROOT密码登陆MYSQL了！
方法二：
首先在 MySQL的安装目录下 新建一个pwdhf.txt, 输入文本：SET PASSWORD FOR 'root'@'localhost' = PASSWORD('*****');
红色部份为 需要设置的新密码
用windows服务管理工具或任务管理器来停止MySQL服务 (任务管理器K掉 mysqld-nt 进程)
Dos命令提示符到 MySQL安装目录下的bin目录 如我的是 D:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.1\bin
然后运行： mysqld-nt --init-file=../pwdhf.txt
执行完毕 停止MySQL数据库服务 (任务管理器K掉 mysqld-nt 进程)，然后再重新以正常模式启动MYSQL 即可