经过小牛提醒，非常鸣谢师弟李建兴！
假设在IBM MQ中定义的队列管理器的名为QueueManager, 端口1414，CCSID 437 ，创建名为LQ1，LQ2的队列分别用于发送和接收消息， 服务器连接通道名为SVRCONN。
1．项目包依赖
确保在项目的Classpath中导入了以下的jar包：
com.ibm.mq.jar ( %WebSphere MQ Root% /Java/lib/ )
com.ibm.mqjms.jar ( %WebSphere MQ Root% /Java/lib/ )
connector.jar ( %WebSphere MQ Root% /Java/lib/ )
dhbcore.jar ( %WebSphere MQ Root% /Java/lib/ )
geronimo-j2ee-management_1.0_spec-1.0.jar
geronimo-jms_1.1_spec-1.0.jar
jta.jar
如果需使用spring的JmsTemplate方式来读写MQ，还需要导入
spring.jar和commons-logging.jar
2．Tomcat的配置
在Tomcat的安装目录下，找到conf子目录下的context.xml, 默认情况下该文件的内容为：
<!-- The contents of this file will be loaded for each web application -->
<Context>
<!-- Default set of monitored resources -->
<WatchedResource>WEB-INF/web.xml</WatchedResource>
<!-- Uncomment this to disable session persistence across Tomcat restarts -->
<!--
<Manager pathname="" />
-->
</Context>
将其修改为：
<!-- The contents of this file will be loaded for each web application -->
<Context>
<!-- Default set of monitored resources -->
<WatchedResource>WEB-INF/web.xml</WatchedResource>
<!-- Uncomment this to disable session persistence across Tomcat restarts -->
<!--
<Manager pathname="" />
-->
<!—连接工厂定义-->
<Resource
name="jms/queueConnectionFactory"
auth="Container"
type="com.ibm.mq.jms.MQConnectionFactory"
factory="com.ibm.mq.jms.MQConnectionFactoryFactory"
description="JMS Queue Connection Factory for sending messages"
HOST="127.0.0.1"
PORT="1414"
CHAN="SVRCONN"
TRAN="1"
CCSID="437"
QMGR="QueueManager"
/>
<!—队列定义-->
<Resource
name="jms/sendMsgQueue"
auth="Container"
type="com.ibm.mq.jms.MQQueue"
factory="com.ibm.mq.jms.MQQueueFactory"
description="JMS Queue for sending messages to app"
QU="LQ1"
CCSID="437"
/>
<Resource
name="jms/recvMsgQueue"
auth="Container"
type="com.ibm.mq.jms.MQQueue"
factory="com.ibm.mq.jms.MQQueueFactory"
description="JMS Queue for receiving messages from app"
QU="LQ2"
CCSID="437"
/>
</Context>
也就是在Context元素下新增Resource子元素。
在Resource元素中，根据具体环境不同需要修改的属性有：
Name ： JNDI的名称
HOST： 主机名
PORT： 队列管理器的端口号
CHAN：服务器通道名
CCSID：编码字符集标识
QMGR：队列管理器名
QU： 队列名
3．应用程序的配置
在web.xml中加入以下内容：
<!—连接工厂的JNDI引用-->
<resource-env-ref>
<resource-env-ref-name> jms/queueConnectionFactory</resource-env-ref-name>
<resource-env-ref-type> javax.jms.QueueConnectionFactory</resource-env-ref-type>
</resource-env-ref>
<!—队列的JNDI引用-->
<resource-env-ref>
<resource-env-ref-name>jms/sendMsgQueue</resource-env-ref-name>
<resource-env-ref-type>javax.jms.Queue</resource-env-ref-type>
</resource-env-ref>
<resource-env-ref>
<resource-env-ref-name>jms/recvMsgQueue</resource-env-ref-name>
<resource-env-ref-type>javax.jms.Queue</resource-env-ref-type>
</resource-env-ref>
测试程序如使用spring JmsTemplate方式操作MQ，在spring配置文件中JMS资源定义部分为：
<!-- 连接工厂定义 -->
<bean id="jmsConnectionFactory" class="org.springframework.jndi.JndiObjectFactoryBean">
<property name="jndiName">
<value>java:comp/env/jms/queueConnectionFactory</value>
</property>
</bean>
<!-- 队列定义 -->
<bean id="sendQueue" class="org.springframework.jndi.JndiObjectFactoryBean">
<property name="jndiName" value="java:comp/env/jms/sendMsgQueue" />
</bean>
<bean id="recvQueue" class="org.springframework.jndi.JndiObjectFactoryBean">
<property name="jndiName" value="java:comp/env/jms/recvMsgQueue" />
</bean>
4. MQ编码字符集的修改
在中文系统下IBM MQ默认的编码字符集标识（CCSID）为1381，也就是简体中文编码。但是如果CCSID用1381的话，在Tomcat连接队列管理器时会出现错误，错误的Reason Code 为CCSID不能识别（至于为什么1381不能识别还不清楚），所以要修改CCSID。经过验证，CCSID=437 （西欧字符编码）可以连上队列管理器（貌似只要不是1381都能连，faint）。当然，IBM MQ里队列管理器的CCSID应修改为对应CCSID，方法如下：
假如队列管理器名为QueueManager,
(1) 启动QueueManager
(2) 在Dos命令行窗口下：
/> runmqsc QueueManager (回车)
ALTER QMGR FORCE CCSID(437)
End (退出)
(3) 重启QueueManager
如果一切正常，QueueManager的CCSID会修改为437
参考文献：
How do I connect to a Websphere MQ (MQ Series) server using JMS and JNDI?（http://wiki.apache.org/tomcat/HowTo#head-b45c4c0b8c57d9efa1e9c5342650d5e534f55cfa）
Add by laiqingming
配置过程中容易出现的问题：
1． 直接将上面的代码拷贝到Tomcat的配置文件context.xml文件中可能出现以下错误：
“严重: Parse Fatal Error at line 2 column 41: Invalid byte 1 of 1-byte UTF-8 sequence.
org.xml.sax.SAXParseException: Invalid byte 1 of 1-byte UTF-8 sequence”原因是直接从word拷贝过去的代码含有中文或特殊字符,这点要注意。
2． 另外一个要注意的问题就是JNID名称的大小写要统一，如：在context.xml中配置为
<Resource
name="jms/QueueConnectionFactory"
auth="Container"
type="com.ibm.mq.jms.MQConnectionFactory"
......
QMGR="QueueManager" />
则在web.xml文件中需要
<resource-env-ref-name> jms/ QueueConnectionFactory </resource-env-ref-name>
同时在其他XML文件中引用的过程中都需要注意这些问题。