和MyEclipse不一样，在Eclipse中做的Web项目默认是不支持将项目发布到Web服务器上的，会发布到工作空间的某个目录，因此无法在外部启动Tomcat来运行Web项目，只有打开Eclipse中的服务器，才能运行Web项目。所以要对Eclipse进行修改，才能将做好的项目，发布到Tomcat服务器上，发布到服务器上的Webapps文件夹下。
在Eclipse中，默认会把Web项目放到Eclipse的工作空间下的.metadata\.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp0(或者是tmp1)\wtpwebapps\下，如果现在Eclipse中有名为access的项目，将它按以前的方式部署到服务器上，则会在上边的目录下，看到自己的项目了，如图所示：
为了能将做好的Java Web项目放入到Tomcat的Webapps下，需要按照如下的步骤进行更改：
1、在Eclipse中的最底下的Servers视图，将所有部署的项目移除，如图所示：
2、在该服务器上，单击鼠标右键选择“Open”,或在空白处按F3快捷键，或者是双击，打开如下的页面：
3、在“Server Locations”处选择“Use Tomcat installation”，可以清楚的看到默认是“Use Workspace metadata”，即上边所说的目录。然后在Deploy的path处写上webapps即可，如下图所示：
修改完成之后，保存即可。这样以后的项目都会发布到tomcat下的Webapps下了。
注意：在Eclipse中，用这种方式发布Web项目，会将原先服务器的conf文件夹被分成为backup文件夹，自己新建立一个文件夹，来作为配置Eclipse发布的Web项目。所以还是要使用MyEclipse编写Java Web项目。