一般来说有两种解决方案。
第一种：添加“--plink-tped”参数：
用vcftools的“--plink”参数生成plink格式文件时，小样本量测试可以正常生成plink格式，用大样本量时产生Writing PLINK PED and MAP files ... Error: Could not open temporary file.报错，于是尝试将“--plink"参数修改为”--plink-tped“参数，成功运行，具体如下：
/bin/vcftools --vcf 1000Genomes.vcf --plink-tped --out 1000Genomes
之后生成tfam和tped格式的中间文件，再将这个中间文件生成plink常用的格式文件
比如，生成ped和map格式：
plink --tfile 1000Genomes --recode --out 1000Genomes
生成bed,bim,fam格式文件：
plink --tfile 1000Genomes --make-bed --out 1000Genomes
第二种：添加系统的临时文件数
查看hard limit:
ulimit -Hn #查看hard limit
这里假定hard limit有4096
设置soft limit，其数值应小于hard limit:
ulimit -Sn 4000
完成以后步骤以后，即可进行vcftools工具的计算。