fasta文件拆分与合并

时间:2024-08-09 23:34:08

Linux中fasta文件的拆分与合并

FASTA文件的拆分:

(1)如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b:

awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=21{print ">"$0}' a.fasta|sed '/^$/d'>b.fasta

(2)将某一文件a中每一条序列保存到一个文件中:

awk '/^>/{f=++d".fasta"} {print > f}' input.fasta

FASTA文件合并:

cat *.fasta > output.fasta
cat `ls -tr *.fasta` > output.fasta #按时间反序的顺序合并文件
  • 转载自:http://www.yelinsky.com/blog/archives/380.html