用FORMAT命令对磁盘（或逻辑盘）进行格式化的时候，就已经为整个硬盘建立了一个根目录FDT。在根目录下，用户可以用DOS命令"MD"再创建不同的各个子目录，以及子目录下的子目录。
根目录以及各级子目录都有自己的FDT。
在具体操作中，系统规定用字母C-Z代表逻辑盘符，所以DOS简单地用“[盘符:]/”表示在根目录下。根目录的作用是分配根目录下的所有文件和子目录的存储空间（逻辑扇区号），并且通过设备驱动程序接口确定有效的最大目录项。
1.根目录中的FDT
根目录的作用是分配根目录下的所有文件和子目录的存储空间（逻辑扇区号），并通过设备驱动程序接口确定有效的最大目录项。
根目录下的所有文件及其子目录在根目录的文件目录表（FDT）中都有一个“目录登记项”或简称为“目录项”。每个目录登记项占用32个字节，分为8个区域，提供有关文件或子目录的信息。其中包括了DOS的系统文件（IO.SYS、MSDOS.SYS、和COMMAND.COM）的目录项。
常用软盘的根目录（FDT）所在逻辑扇区如下：
360KB:5--11扇区，共7个扇区
1.2MB:15--28扇区，共14个扇区
1.44MB:19--32扇区，共14个扇区
在硬盘中，各逻辑盘的根FDT的起始逻辑扇区由分区容量确定。在FAT16中，其大小总是32(20H)个扇区。FAT32中的根FDT大小与其逻辑盘容量有关。
下面是用DEBUG读出1.44MB软盘逻辑13H扇区开始的14个扇区内容的例子。
C>DEBUG
-L 00 0 13 E
-D 00
0DE5:0000 49 4F 20 20 20 20 20 20-53 59 53 27 00 00 00 00 IO SYS'....
0DE5:0010 00 00 00 00 00 00 C0 32-BF 1C 1D 00 46 9F 00 00 ......2...F.....
0DE5:0020 4D 53 44 4F 53 20 20 20-53 59 53 27 00 00 00 00 MSDOS SYS'....
0DE5:0030 00 00 00 00 00 00 C0 32-BF 1C 6D 00 FA 94 00 00 .......2 ..m...
0DE5:0040 43 4F 4D 4D 41 4E 44 20-43 4F 4D 20 00 00 00 00 COMMAND COM..
0DE5:0050 00 00 00 00 00 00 C0 32-BF 1C B8 00 75 D5 00 00 .......2 ..u...
2.FDT中的目录项
根目录下的所有文件及其子目录在根目录的文件目录表（FDT）中都有一个“目录登记项”或简称为“目录项”。
由于每个文件的目录羌窍钫加?2个字节，用作目录的一个扇区（512字节）最多只能装入512/32=16个文件。因此，在常用磁盘的根目录下最多可建文件或子目录数如下：
360 KB: 共7个扇区， 7*16=112个文件或子目录。
1.2 MB: 共14个扇区，14*16=224个文件或子目录。
1.44MB: 共14个扇区，14*16=224个文件或子目录。
硬盘逻辑盘：共32个扇区，16*32=512个文件或子目录。
在FDT中，每个目录登记项占用32个字节，分为8个区域，提供有关文件或子目录的信息，包括DOS的系统文件IO.SYS、MSDOS.SYS的目录项。
在FAT16文件系统中，一个文件目录登记项32个字节中个字节的内容及含义如表6-6所示。
表6-6 FAT16文件目录项内容及含义表
| 字节位置 | 内 容 及 含 义 | |
| 第0--7字节 | 表示文件名 | |
| 第8--10字节 | 表示文件的扩展名 | |
| 第11字节 | 表 示 文 件 属 性 |
00H（读写） |
| 01H（只读） | ||
| 02H（隐藏） | ||
| 04H（系统） | ||
| 08H（卷标） | ||
| 10H（子目录） | ||
| 20H（归档——只要完成了写操作并已关闭，则该位置1） | ||
| 第12--21字节 | 保留未用 | |
| 第22--23字节 | 表示文件的创建时间 | |
| 第24--25字节 | 表示文件的创建日期 | |
| 第26--27字节 | 表示文件的起始簇号（首簇号） | |
| 第28--31字节 | 表示文件的字节数 | |
FAT16文件系统对每个文件来说其数据结构是一个单项簇链表，而文件在文件目录表FDT中占一个文件目录项，每个文件的首簇号就存放在该文件的目录项中，一个文件目录项占32个字节。对FDT中一个文件目录项的几个参数值作如下说明：
(1)文件名
FAT16文件系统中，FDT的文件目录项中第0-7字节为文件名（若有剩余字节则用空白符20H填充）。其中，第1字节又表明了该文件的状态，它有如下3种取值方式：
·00H目录项的空表目。
·E5表示该目录项曾经使用过，但文件已被删除。
·2E表示该项为子目录项。
其它任何字符表示一个文件名（或子目录名）的第一个字符的ASCII码值。
(2)文件属性
第11字节为文件属性字节，按位规定如下：
| b7 | b6 | b5 | b4 | b3 | b2 | b1 | b0 |
| 未用 |
未用 |
归档 |
子目录 |
卷标 |
系统 |
隐藏 |
只读 |
(3)文件创建（修改）时间
·（第22字节0--4位）以2秒为增量的二进制树
·（23字节0--2位）+（22字节5--7位）为分钟
·（第23字节3--7位）为小时
(4)文件创建（修改）日期
·（第24字节0--4位）为日期1--31
·（25字节0位）+（24字节5--7位）为月份1--12
·（第25字节1--7位）为年号0--119（1980--2099）
(5)文件首簇号
第26、27 字节存放该文件的首簇号。系统根据FAT中该文件的单链表即可找到它的全部内容。
要注意区分文件目录表（FDT）和FDT中的目录登记项这两个概念。
目录登记项是一个32字节长的数据块，它记录了一个文件或子目录的有关信息。FDT是由若干目录登记项组成的一个表。根目录区是盘卷上的一个固定区域，根目录及各子目录都有各自的FDT。