.settings目录，里面有一个org.eclipse.ui.ide.prefs文件，用编辑器打开我就惊喜的发现找到地方了，因为我看到了下面 的一段：
RECENT_WORKSPACES=D/://web//workspace,D/://web,C/://Documents and Settings//Administrator//workspace
这就是系统建立的一个workspace空间和我自己建立的两个workspace空间，于是我把这句改为 RECENT_WORKSPACES=D/://web//workspace，保存文件然后重新启动eclipse，这时在选择工作空间的对话框的地方 再也找不到那删除的两个工作空间了。