本人用的JLINK仿真器（某宝上买的），在使用新版KEIL时，提示要升级固件，升级后就出现JLINK is Clone的提示。在网上找了许多关于修复的资料，都觉得不是很好。经过本人反复试验，总算找到比较好的解决方案，操作步骤如下：
1.请参照《JLINK V8固件烧录指导.pdf》进行固件烧写。(烧写固件使用J-LINK V8.bin)
2.安装Setup_JLinkARM_V450l（若安装其它版本的，仍建议安装此版本，已安装版本不用卸载，否则可能会出现刚烧写好固件就提示Clone的情况）。
3.连接仿真器到电脑上，打开J-Link Commander（刚安装版本的），提示升级时点击取消，若仿真器正确识别，就可以在命令行键入命令如下：exec setsn=XXXXXXXX (XXXXXXXX代表16进制，值随意设定)
4.关闭J-Link Commander，就可以使用其它版本的JLINK软件对仿真器进行固件升级了（不会再出现仿真器Clone的提示了）。
5.使用 J-Link Configurator，进行固件升级。
另一网友做法：
1.重新烧写固件到Jlink，将原来V8.bin固件用Winhex打开，并找到偏移地址为0xff00为首地址4bytes修改为其他值，只要不为原来的11111117 或 805306163即可，因为更新后的固件对这两个固件SN进行了强制校验，修改为其他值即可完美解决问题。一种灵活的修改SN的方法：将0xff00为起始地址的4Bytes修改为0xffffffff，更新固件后，打开Commander，不理会更新，在Jlink命令后面输入
exec setsn = xxxxxxxx,所输入的sn为16进制，必须为8个字符如01234567，否则更新升级时会出现错误。
2、此时安装了Segger4.65d的版本，打开JLink Commander，按要求提示更新，更新完之后即可正常使用最新的版本了。
另一网友解析Jlink：
Jlink这个东西很强大，可以支持很多芯片的Flash烧写。在用Jlink仿真器的时候，有时会出现“连接不上”、“指示灯不亮”的情况，由于本人也和大多数人一样，用的是“山寨”Jlink，出现问题难免，当然还有操作不当什么的，所有这下不用纠结了，自己动手就好了……
当然一般情况，你打开仿真器外壳，测量电源如果正常的情况就基本说明硬件没有问题，因为硬件不是那么容易坏滴（也有例外，暂且不表），另外如果觉得你的仿真器版本低了，如V7想升级到V8等（以后会有更高版本），升级最基本的好处是支持更多的MCU。好了，接下来该干正紧事儿：
原理：
AT91SAM7S64内部“隐藏”着一段程序叫SAM-BA BOOT，它是在出厂时被固化的，不会被擦除，也不会被重写。由于ATMEL没有说明这段程序在哪里所以叫“隐藏”，在特定的条件下它会被复制到内部FLASH首部，这个复制的过程叫恢复系统程序（System Recovery Procedure）。系统程序恢复后，下一次上电或手动复位时SAM-BA BOOT 就会得到运行，它使用片上集成的USB或DBGU(其实就是UART)与上位机通信实现自编程。
目前Jlink有两个最基本的版本，如图：
大家可以拆开看一看你的Jlink，对比一下就知道了，后面的步骤一定要拆的哈，呵呵……
在这之前要做一个准备工作，先安装压缩包里的Install AT91-ISP v1.13.exe ，然后重启电脑，重启电脑的时候不要闲着，打开Jlink外壳。
1、擦除AT91SAM7S64
拔掉Jlink电源，短接板上ERASE（图中标注A）后再连接Jlink电源，等1min左右的时间后就好了，掉电，断开ERASE
2、将SAM-BA Boot 固件复制到FLASH存储器的头两个区
同样拔掉Jlink电源，短接板上TST（图中标注B）后上电，约1min后掉电，断开TST
3、安装USB驱动
重新上电后，发现新硬件，这时候需要安装USB驱动，默认只需要系统自动查找并安装即可。
4、烧录固件
A. 打开上面安装的那个SAM-BA软件，这时候你会看到
如果没有，可能由以下几点原因：
（1）恢复系统程序未成功
（2）硬件连接存在问题
（3）USB驱动程序未被指定
注意：连接方式：\usb\ARM0,硬件的选取，这里是at91sam7s64-ek
B. 点击connet出现下面界面：
当然里面有一些参数设置，我们就不要折腾了，默认即可，这时候，点击
将压缩包里的V84.10.bin固件（另外一个固件也可）点击 Send File 按钮（下载过程中弹出的对话框点击yes就可以了）下载完毕就好了。
最后，拔下Jlink重新上电即可使用……
大多数情况通过这种方法是可以解决的，至于说灵不灵，大家试了就知道……
本文档参照网络资料后经本人整理，在这里感谢他们……
SAM-BA软件及jlink固件ourdev_698350PXQ5HV.zip(文件大小:7.85M) (原文件名:SAM-BA更新jlink固件.zip)