gene ID转换(gene ID转为protein ID) pathway注释 string数据库的方法

时间:2021-12-04 04:43:29

gene  symbol转换为protein ID:

参考资料:https://www.cnblogs.com/wangshicheng/p/11171058.html

工具网站:https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php

 

David数据库的详细用法说明:

https://david.ncifcrf.gov/helps/functional_annotation.html#summary

 

GSEA的用法

选择“Molecular Signatures Database”和“Investigate gene sets”。看到输入gene标识的输入框。

输入gene 列表,最多不超过2000个。

选择各种数据库,比如:KEGG、GO、Hallmark gene sets等。

一定记得选择物种!一定记得选择物种!Species:Human   Mouse

q_value可以设置0.1 或者0.05(默认)。

点击“Compute overlaps”即可。

 

String数据库:

https://string-db.org/cgi/input.pl?sessionId=wNQljxzwVv2e&input_page_show_search=on

选择“Multiple proteins”,在右边的框中输入gene symbol,选择物种(小鼠:Mus Musculus;人:Homo species)。点击“search”。

进入新的页面后,点击“continue”。看到生成的蛋白互作图。

可以看到该图的Legend,还可以导出该图。