其实不管是在用CI还是ZF都有同样一个问题，就是路径的问题。前期，我在用ZF做CMS时，我在.htaccess文件中设置了如遇到js,css,img等资源文件都不重定向。但今天在用CI时，却忘记了，搞了很久都没有出来，上了CI的中国官方网，终于在他们帮助下把问题觖决了，在这里把它贴出来，供大家分享。
（另注：我这里是隐藏了url中的index.php文件的，与不隐藏有所不同，但最终都是采用绝对URL）
首先，我在.htaccess文件里设置（作用是隐藏index.php），如下：
RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index/.php|images|js|img|css|robots/.txt) #在这里写要排除的资源等
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]
我把JS,CSS,IMG等资源文件夹与SYSTEM文件夹放在同一级下，然后在JS文件夹中建立ajax.js文件，我在VIEW层中的文件为index.html。这样我要引入JS时，如下：
<script type="text/javascript" src="url/js/ajax.js'?>"></script>：注这里url是你的网站绝对URL（绝对 URL，就是 http://domain/js/ajax.js 这样叫做绝对 URL）
到这里就行了。当然为了可维护性，你也可以用CI自带的BASE_URL来设置，如下：
进入 application/config/config.php文件，在config.php文件中设置base_url:
$config['base_url'] = http://www.exiplode/com; //这里是你的网站根目录
设置好后 再controller某处
$this->load->helper('url')，
然后再在VIEW层中具体页面中引入即可：
<script type="text/javascript" src='<?=base_url().'js/Ajax.js'?>'></script>
好了，CI中引入外部的JS与CSS就这么简单.
注别的说明：“ RewriteCond $1 !^(index/.php|images|js|img|css|robots/.txt) ”这里代码的意思是：任意你想访问的资源都不被重定向时，都可写在这里。有时，网站没有加载CSS,JS（它的路径都是正确的）时，都是被重定向了，这要注意.