一开始我认为这两者是不同的，后来经过查阅许多资料后发现，其实两者都是php的FastCGI管理器，都是用来管理php-cgi进程，php-cgi是php自带的管理器，而php-fpm是为php专门制作的FastCGI管理器（5.3之前是php的补丁功能，5.3之后加入到php中，替换了原先的php-cgi）。
PHP-CGI
PHP-CGI是PHP自带的FastCGI管理器。
PHP-CGI的不足：
- php-cgi变更php.ini配置后需重启php-cgi才能让新的php-ini生效，不可以平滑重启。
- 直接杀死php-cgi进程，php就不能运行了。(PHP-FPM和Spawn-FCGI就没有这个问题，守护进程会平滑从新生成新的子进程。）
PHP-FPM
PHP-FPM是一个PHP FastCGI管理器，是只用于PHP的，可以在 http://php-fpm.org/download下载得到。
PHP-FPM其实是PHP源代码的一个补丁，旨在将FastCGI进程管理整合进PHP包中。必须将它patch到你的PHP源代码中，在编译安装PHP后才可以使用。
现在我们可以在最新的PHP 5.3.2的源码树里下载得到直接整合了PHP-FPM的分支，据说下个版本会融合进PHP的主分支去。相对Spawn-FCGI，PHP-FPM在CPU和内存方面的控制都更胜一筹，而且前者很容易崩溃，必须用crontab进行监控，而PHP-FPM则没有这种烦恼。
PHP5.3.3已经集成php-fpm了，不再是第三方的包了。PHP-FPM提供了更好的PHP进程管理方式，可以有效控制内存和进程、可以平滑重载PHP配置，比spawn-fcgi具有更多有点，所以被PHP官方收录了。在./configure的时候带 –enable-fpm参数即可开启PHP-FPM。
具体可参考：什么是CGI、FastCGI、PHP-CGI、PHP-FPM、Spawn-FCGI？